Table 7.

Position of intronic variations determined by NGS and their corresponding nucleotide in R2 and R1, R0, RZRHD alleles in comparison with the reference sequence (hg38)

Intronic positionReference SNP no.*Intronic locationhg38R1, R0, RZR2
25 277 761 rs28661958 Intron 1 A G G 
25 282 654 rs3866916 Intron 1 A A G 
25 284 544 rs2301153 Intron 1 G C G 
25 285 089 rs675072 Intron 2 G G A 
25 286 520 rs183024534 Intron 2 T C C 
25 286 601 NA† Intron 2 T A A 
25 286 605 NA† Intron 2 A T T 
25 286 674 NA† Intron 2 C T T 
25 286 732 NA† Intron 2 A G G 
25 287 909 rs28718098 Intron 2 C C G 
25 290 908 rs28521909 Intron 3 T C C 
25 290 915 rs28562109 Intron 3 G A A 
25 292 953 rs28645510 Intron 3 G A G 
25 295 072 rs372986392 Intron 3 G G A 
25 295 317 rs2986157 Intron 3 G A G 
25 295 354 rs2904840 Intron 3 C C T 
25 295 489 rs190056379 Intron 3 C C T 
25 295 708 rs182346769 Intron 3 G G A 
25 295 731 rs201512625 Intron 3 A A G 
25 295 739 rs200682399 Intron 3 G G A 
25 295 753 rs143670081 Intron 3 A A G 
25 295 797 rs2986163 Intron 3 T A T 
25 295 800 rs2986164 Intron 3 G A G 
25 295 850 rs28451966 Intron 3 A G G 
25 296 764 rs599792 Intron 3 A C A 
25 297 140 rs28786680 Intron 3 G A A 
25 297 476 rs1830962 Intron 3 A G A 
25 298 410 rs1293267 Intron 3 G C G 
25 298 980 rs2904843 Intron 3 T T C 
25 300 575 rs2986167 Intron 3 C C G 
25 301 905 rs28510210 Intron 5 T G T 
25 304 945 rs28685153 Intron 6 A T A 
25 305 164 rs28703207 Intron 6 G T T 
25 305 898 rs12126031 Intron 6 A A G 
25 307 040 rs3118453 Intron 7 G C G 
25 307 714 rs2257611 Intron 7 G G A 
25 308 306 rs28374144 Intron 7 T C C 
25 308 317 rs28719684 Intron 7 T C C 
25 308 325 rs71493569 Intron 7 G A A 
25 308 326 rs71493569 Intron 7 C T T 
25 308 403 rs1801096 Intron 7 C T T 
25 308 845 rs2478025 Intron 7 G G C 
25 311 520 rs2478028 Intron 7 G A G 
25 311 722‡ rs796579065 Intron 7 T G A 
25 316 058 rs28453868 Intron 7 A G G 
25 316 269 rs2427767 Intron 7 A A G 
25 319 292 rs28397158 Intron 8 T C C 
25 320 257 rs28628791 Intron 8 A C A 
25 320 442 rs3927482 Intron 8 T T G 
25 321 858 rs28669938 Intron 8 T T C 
25 322 588 rs28435180 Intron 9 A G G 
25 323 393 rs77160738 Intron 9 C C T 
25 323 618 rs201304363 Intron 9 G G C 
25 323 713 rs202154122 Intron 9 G G C 
25 327 036 rs61777612 Intron 9 G A A 
25 327 668 NA† Intron 9 A A G 
25 329 789 rs28654325 Intron 10 A G G 
25 329 839 rs28668998 Intron 10 A T A 
Intronic positionReference SNP no.*Intronic locationhg38R1, R0, RZR2
25 277 761 rs28661958 Intron 1 A G G 
25 282 654 rs3866916 Intron 1 A A G 
25 284 544 rs2301153 Intron 1 G C G 
25 285 089 rs675072 Intron 2 G G A 
25 286 520 rs183024534 Intron 2 T C C 
25 286 601 NA† Intron 2 T A A 
25 286 605 NA† Intron 2 A T T 
25 286 674 NA† Intron 2 C T T 
25 286 732 NA† Intron 2 A G G 
25 287 909 rs28718098 Intron 2 C C G 
25 290 908 rs28521909 Intron 3 T C C 
25 290 915 rs28562109 Intron 3 G A A 
25 292 953 rs28645510 Intron 3 G A G 
25 295 072 rs372986392 Intron 3 G G A 
25 295 317 rs2986157 Intron 3 G A G 
25 295 354 rs2904840 Intron 3 C C T 
25 295 489 rs190056379 Intron 3 C C T 
25 295 708 rs182346769 Intron 3 G G A 
25 295 731 rs201512625 Intron 3 A A G 
25 295 739 rs200682399 Intron 3 G G A 
25 295 753 rs143670081 Intron 3 A A G 
25 295 797 rs2986163 Intron 3 T A T 
25 295 800 rs2986164 Intron 3 G A G 
25 295 850 rs28451966 Intron 3 A G G 
25 296 764 rs599792 Intron 3 A C A 
25 297 140 rs28786680 Intron 3 G A A 
25 297 476 rs1830962 Intron 3 A G A 
25 298 410 rs1293267 Intron 3 G C G 
25 298 980 rs2904843 Intron 3 T T C 
25 300 575 rs2986167 Intron 3 C C G 
25 301 905 rs28510210 Intron 5 T G T 
25 304 945 rs28685153 Intron 6 A T A 
25 305 164 rs28703207 Intron 6 G T T 
25 305 898 rs12126031 Intron 6 A A G 
25 307 040 rs3118453 Intron 7 G C G 
25 307 714 rs2257611 Intron 7 G G A 
25 308 306 rs28374144 Intron 7 T C C 
25 308 317 rs28719684 Intron 7 T C C 
25 308 325 rs71493569 Intron 7 G A A 
25 308 326 rs71493569 Intron 7 C T T 
25 308 403 rs1801096 Intron 7 C T T 
25 308 845 rs2478025 Intron 7 G G C 
25 311 520 rs2478028 Intron 7 G A G 
25 311 722‡ rs796579065 Intron 7 T G A 
25 316 058 rs28453868 Intron 7 A G G 
25 316 269 rs2427767 Intron 7 A A G 
25 319 292 rs28397158 Intron 8 T C C 
25 320 257 rs28628791 Intron 8 A C A 
25 320 442 rs3927482 Intron 8 T T G 
25 321 858 rs28669938 Intron 8 T T C 
25 322 588 rs28435180 Intron 9 A G G 
25 323 393 rs77160738 Intron 9 C C T 
25 323 618 rs201304363 Intron 9 G G C 
25 323 713 rs202154122 Intron 9 G G C 
25 327 036 rs61777612 Intron 9 G A A 
25 327 668 NA† Intron 9 A A G 
25 329 789 rs28654325 Intron 10 A G G 
25 329 839 rs28668998 Intron 10 A T A 
*

From the database of SNPs.44 

†

Not applicable. Not found in the database of SNPs.44 

‡

SNP position shows 3 different nucleotides: T for reference (hg38); G for R1, R0, RZ haplotypes; and A for R2 haplotype.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal