Table 3.

Junctional amino acid sequence of TCR BV16

BV16N-D-NBJBJ segmentFrequency
Patient 6     
 CASS RYRID EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/4 
 CASS Q*QGENNQ EQHFGDGTRLSIL 1S5 1/4 
 CASS RGVGQRN ELFFGSGTRLSVL 2S2 1/4 
 CASS RTSGNF YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/4  
Patient 8     
 CASS RYRID EQFFGPGTRLTVL 2S1 9/10 
 CASS RSYMRG YNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/10  
Patient 12     
 CASS QVSRA HYEQYFGPGTRLTVT 2S7 9/19 
 CASS QGGKR GYTFGSGTRLTVV 1S2 4/19 
 CASS RGQGARD TQYFGPGTRLTVL 2S3 2/19 
 CASS LRGLS EAFFGQGTRLTVV 1S1 1/19 
 CASS QEAGGLS EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/19 
 CASS LGTLDG ELFFGEGSRLTVL 2S2 1/19 
 CASS PGLVP YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/19  
Patient 20     
 CASS RTGTTS EAFFGQGTRLTVV 1S1 9/21 
 CASS ATGTTD TQYFGPGTRLVL 2S5 3/21 
 CASS QGVALHG EQFFGPGTRLTVL 2S1 2/21 
 CASS RTWAGTG ELFFGEGSRLTVL 2S2 2/21 
 CASS QDQ YNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/21 
 CASS GQSTF STDTQYFGPGTRLTVL 2S3 1/21 
 CASS RGQGARD TQYFGPGTRLTVL 2S5 1/21 
 CASS QVFPY TEAFFGQGTRLTVV 2S7 1/21 
 CASS QGGTAGR SGSFGPGTRLTVL  1/21  
Patient 22     
 CASS AIGP SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 11/22 
 CASS WPGQGA TEAFFGQGTRLTVV 1S1 3/22 
 CASS  SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/22 
 CASS RSG EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/22 
 CASS QDNYF SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/22 
 CASS QEKGTRPGH EQFFGPGTRLTV 2S1 1/22 
 CAS GSFSPPG ELFFGEGSRLTVL 2S2 1/22 
 CASS QSGTV QETQYFGPGTRLLVL 2S5 1/22 
 CASS PGA YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/22 
 CASS PGRT YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/22  
Patient 23     
 CASS AYRDRRL NEKLFFGSGTQLSVL 1S4 18/26 
 CASS RYRDRRL NEKLFFGSGTQLSVL 1S4 1/26 
 CASS QGTG SNQPQHFGDGTRLSIL 1S5 1/26 
 CASS YRPS SYNSPLHFGNGTRLTVT 1S6 1/26 
 CASS HKTEWDN EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/26 
 CASS QDWDRGNTD TQYFGPGTRLTVL 2S5 1/26 
 CASS QLDKNI QYFGAGTRLSVL 2S7 1/26 
 CASS SSQG SYEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/26  
 CASS I GQA YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/26  
Patient 24     
 CASS RIETYP YEQYFGPGTRLTVT 2S7 8/14 
 CASS QALVPGLAGGP YEQYFGPGTRLTVT 2S7 2/14 
 CASS YRTHN EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/14 
 CASS QDLGGWT EAFFGQGTRLTVV 1S1 1/14 
 CASS QVNY GYTFGSGTRLTVV 1S2 1/14 
 CASR AGG ETQYFGPGTRLLVL 2S5 1/14  
Patient 25     
 CASS QDFPSGSWE SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 7/19 
 CASS QVQGVAN VLTFGAGSRLTVL 1S2 3/19 
 CASS QRMGG TNEKLFFGSGTQLSVL 1S4 2/19 
 CASS QASGR YNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/19 
 CASS QGPSG TEAFFGQGT RLTVV 1S1 1/19 
 CASS QDRFIGLAGGA YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/19 
 CASS PAGGFPG ELFFGEGSRLTVL 2S2 1/19 
 CASS QVFE TQYFGPGTRLLVL 2S5 1/19 
 CASS HSRDRPNY GYTFGSGTRLTVV 1S2 1/19 
 CASS RGQGARDTL YFGPGTRLTVL 2S2 1/19 
Patient 28     
 CASS AIGP SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 14/18 
 CASS RYWP SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 2/18 
 CASS QGGGSGAN VLTFGAGSRLTVL 1S2 1/18 
 CASS LSG SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/18  
Patient 29     
 CASS HRGQG TEAFFGQGTRLTVV 1S1 9/15 
 CASS QDRAY GYTFGSGTRLTVV 1S2 3/15 
 CASS LSGTAN TEAFFGQGTRLTVV 1S1 1/15 
 CASS QARGSY GYTFGSGTRLTVV 1S2 1/15 
 CASS LSG SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/15 
BV16N-D-NBJBJ segmentFrequency
Patient 6     
 CASS RYRID EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/4 
 CASS Q*QGENNQ EQHFGDGTRLSIL 1S5 1/4 
 CASS RGVGQRN ELFFGSGTRLSVL 2S2 1/4 
 CASS RTSGNF YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/4  
Patient 8     
 CASS RYRID EQFFGPGTRLTVL 2S1 9/10 
 CASS RSYMRG YNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/10  
Patient 12     
 CASS QVSRA HYEQYFGPGTRLTVT 2S7 9/19 
 CASS QGGKR GYTFGSGTRLTVV 1S2 4/19 
 CASS RGQGARD TQYFGPGTRLTVL 2S3 2/19 
 CASS LRGLS EAFFGQGTRLTVV 1S1 1/19 
 CASS QEAGGLS EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/19 
 CASS LGTLDG ELFFGEGSRLTVL 2S2 1/19 
 CASS PGLVP YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/19  
Patient 20     
 CASS RTGTTS EAFFGQGTRLTVV 1S1 9/21 
 CASS ATGTTD TQYFGPGTRLVL 2S5 3/21 
 CASS QGVALHG EQFFGPGTRLTVL 2S1 2/21 
 CASS RTWAGTG ELFFGEGSRLTVL 2S2 2/21 
 CASS QDQ YNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/21 
 CASS GQSTF STDTQYFGPGTRLTVL 2S3 1/21 
 CASS RGQGARD TQYFGPGTRLTVL 2S5 1/21 
 CASS QVFPY TEAFFGQGTRLTVV 2S7 1/21 
 CASS QGGTAGR SGSFGPGTRLTVL  1/21  
Patient 22     
 CASS AIGP SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 11/22 
 CASS WPGQGA TEAFFGQGTRLTVV 1S1 3/22 
 CASS  SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/22 
 CASS RSG EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/22 
 CASS QDNYF SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/22 
 CASS QEKGTRPGH EQFFGPGTRLTV 2S1 1/22 
 CAS GSFSPPG ELFFGEGSRLTVL 2S2 1/22 
 CASS QSGTV QETQYFGPGTRLLVL 2S5 1/22 
 CASS PGA YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/22 
 CASS PGRT YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/22  
Patient 23     
 CASS AYRDRRL NEKLFFGSGTQLSVL 1S4 18/26 
 CASS RYRDRRL NEKLFFGSGTQLSVL 1S4 1/26 
 CASS QGTG SNQPQHFGDGTRLSIL 1S5 1/26 
 CASS YRPS SYNSPLHFGNGTRLTVT 1S6 1/26 
 CASS HKTEWDN EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/26 
 CASS QDWDRGNTD TQYFGPGTRLTVL 2S5 1/26 
 CASS QLDKNI QYFGAGTRLSVL 2S7 1/26 
 CASS SSQG SYEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/26  
 CASS I GQA YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/26  
Patient 24     
 CASS RIETYP YEQYFGPGTRLTVT 2S7 8/14 
 CASS QALVPGLAGGP YEQYFGPGTRLTVT 2S7 2/14 
 CASS YRTHN EQFFGPGTRLTVL 2S1 1/14 
 CASS QDLGGWT EAFFGQGTRLTVV 1S1 1/14 
 CASS QVNY GYTFGSGTRLTVV 1S2 1/14 
 CASR AGG ETQYFGPGTRLLVL 2S5 1/14  
Patient 25     
 CASS QDFPSGSWE SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 7/19 
 CASS QVQGVAN VLTFGAGSRLTVL 1S2 3/19 
 CASS QRMGG TNEKLFFGSGTQLSVL 1S4 2/19 
 CASS QASGR YNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/19 
 CASS QGPSG TEAFFGQGT RLTVV 1S1 1/19 
 CASS QDRFIGLAGGA YEQYFGPGTRLTVT 2S7 1/19 
 CASS PAGGFPG ELFFGEGSRLTVL 2S2 1/19 
 CASS QVFE TQYFGPGTRLLVL 2S5 1/19 
 CASS HSRDRPNY GYTFGSGTRLTVV 1S2 1/19 
 CASS RGQGARDTL YFGPGTRLTVL 2S2 1/19 
Patient 28     
 CASS AIGP SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 14/18 
 CASS RYWP SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 2/18 
 CASS QGGGSGAN VLTFGAGSRLTVL 1S2 1/18 
 CASS LSG SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/18  
Patient 29     
 CASS HRGQG TEAFFGQGTRLTVV 1S1 9/15 
 CASS QDRAY GYTFGSGTRLTVV 1S2 3/15 
 CASS LSGTAN TEAFFGQGTRLTVV 1S1 1/15 
 CASS QARGSY GYTFGSGTRLTVV 1S2 1/15 
 CASS LSG SYNEQFFGPGTRLTVL 2S1 1/15 

The CDR3 sequences of different patients were confirmed by independent analyses starting from new RNA isolations from each preserved specimen to exclude potential contamination between samples. Identical sequences are italicized and underlined. N-D-N, nucleotide-diversity-nucleotide; BJ, β chain joining region.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal