Table 1.

Sequence Data Obtained by Subcloning of Amplified Products of EBNA-1

B95-8 HR-1 SSCP Pattern wt Lane # B H aa 487 gct CTt 490 gct  492 agt Tgt 494 gta   499 gac gaG 500 gaa gaT 502 act aAt 503 tgg   507 gtg   509 gta   516 tcc   517 ctt   520 cta   522 cga   523 gga   524 act aTt 525 gcc   527 gct   528 att   529 cca   532 cgt  
NL 21 direct results    cct, gtt, ctt  tgt   gag  gat  aat       ctc aga   att  ggc  
 Clone 21-1   ns —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  cTa  —  
 Clone 21-2  wt  1  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 21-3  wt  2  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 21-4   3  —  —  —  —  gaG  gaT aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 21-5   4  CTt  —  Tgt —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  —  —  —  aTt  —  —  —  —  —  
 Clone 21-6   5 CTt  —  Tgt  —  gaG  gaG  aAt  —  —  —  —  —  —  —  —  aTt  —  —  —  —  —  
NL 22 direct results    Cct, gTg, CTt   Tgt   gaG gaT  aAt       ctC    aTt  gGc 
 Clone 22-1  wt  6  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-3   7  —  gTt  —  —  —  —  —  —  gCg  gCa  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-4   8  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  Ccc  —  —  cgG  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-5  wt  9  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-6 wt  10  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-7  wt  11  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-12 wt  ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-13  wt  ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-14   ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  atC  —  —  
 Clone 22-15   ns CTt  —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  Aga aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 22-16   ns  CTt  —  Tgt  —  gaG gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  Aga  aTt  gGc  —  —  —  —  
NL 20 direct results    ctt, gtt, cct  tgt   gag  gat  aat       ctc aga   att  ggc  
 Clone 20-2  wt  12  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 20-3   13  CTt  —  Tgt  —  gaG  gTa aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-4   14  CTt —  Tgt —  gaG gTa aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt gGc —  —  —  —  
 Clone 20-5  wt  15 —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 20-6   16  CTt  —  Tgt  gCa  gaG gTa  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-7   ns  CTt —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-8  ns  Act  —  Tgt  —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-9   ns  CTt —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-10  ns  Act  —  Tgt  —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-11   ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  cgC  
NL 7 direct results    cct, ctt, gtt   tgt   gag gat  aat       ctc    att  ggc    —  
 Clone 7-4  wt  17  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 7-5  18  CCt  —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 7-6  wt  19  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 7-7   20  CCt —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  cgT  —  aTt  gGc —  —  —  —  
 Clone 7-8  wt  21 —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
NL 13 direct results    gtt   Tgt   gag  gat  aat      ctc    att  ggc 
 Clone 13-1  wt  22  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 13-2   23 Act —  Tgt —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  —  —  —  
 Clone 13-3   24  gTt —  —  —  gaG  —  aAt  tAg —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 13-4  25  gTt  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  —  —  Gtt  —  cgA  
 Clone 13-5   26  gTt  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  —  cgA  
 Clone 13-6   27 —  —  —  —   —  —  —  —  —  —  cCt  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 13-7   28  Act  —  Tgt  —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  —  —  —  
 Clone 13-8   29  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt gGc  —  —  —  —  
 Clone 13-9  30  gTt —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt —  cgA 
 Clone 13-10   31  Act —  Tgt —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  —  —  —  
NL 4 direct results        gaG   aAt      ctC    aTt    Gtt  Tca 
 Clone 4-1   ns  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-3   32 —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
 Clone 4-4   33 —  —  —  —  gaG  —  aAt —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-5   34  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-6   35  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-7  36  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca —  
 Clone 4-8   37  —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
 Clone 4-9   38  —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
 Clone 4-10   39  —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
B95-8 HR-1 SSCP Pattern wt Lane # B H aa 487 gct CTt 490 gct  492 agt Tgt 494 gta   499 gac gaG 500 gaa gaT 502 act aAt 503 tgg   507 gtg   509 gta   516 tcc   517 ctt   520 cta   522 cga   523 gga   524 act aTt 525 gcc   527 gct   528 att   529 cca   532 cgt  
NL 21 direct results    cct, gtt, ctt  tgt   gag  gat  aat       ctc aga   att  ggc  
 Clone 21-1   ns —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  cTa  —  
 Clone 21-2  wt  1  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 21-3  wt  2  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 21-4   3  —  —  —  —  gaG  gaT aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 21-5   4  CTt  —  Tgt —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  —  —  —  aTt  —  —  —  —  —  
 Clone 21-6   5 CTt  —  Tgt  —  gaG  gaG  aAt  —  —  —  —  —  —  —  —  aTt  —  —  —  —  —  
NL 22 direct results    Cct, gTg, CTt   Tgt   gaG gaT  aAt       ctC    aTt  gGc 
 Clone 22-1  wt  6  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-3   7  —  gTt  —  —  —  —  —  —  gCg  gCa  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-4   8  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  Ccc  —  —  cgG  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-5  wt  9  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-6 wt  10  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-7  wt  11  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-12 wt  ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-13  wt  ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 22-14   ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  atC  —  —  
 Clone 22-15   ns CTt  —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  Aga aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 22-16   ns  CTt  —  Tgt  —  gaG gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  Aga  aTt  gGc  —  —  —  —  
NL 20 direct results    ctt, gtt, cct  tgt   gag  gat  aat       ctc aga   att  ggc  
 Clone 20-2  wt  12  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 20-3   13  CTt  —  Tgt  —  gaG  gTa aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-4   14  CTt —  Tgt —  gaG gTa aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt gGc —  —  —  —  
 Clone 20-5  wt  15 —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 20-6   16  CTt  —  Tgt  gCa  gaG gTa  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-7   ns  CTt —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-8  ns  Act  —  Tgt  —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-9   ns  CTt —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-10  ns  Act  —  Tgt  —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 20-11   ns  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  cgC  
NL 7 direct results    cct, ctt, gtt   tgt   gag gat  aat       ctc    att  ggc    —  
 Clone 7-4  wt  17  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 7-5  18  CCt  —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  gGc  —  —  —  —  
 Clone 7-6  wt  19  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 7-7   20  CCt —  Tgt  —  gaG  gaT  aAt  —  —  —  —  —  ctC  cgT  —  aTt  gGc —  —  —  —  
 Clone 7-8  wt  21 —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
NL 13 direct results    gtt   Tgt   gag  gat  aat      ctc    att  ggc 
 Clone 13-1  wt  22  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 13-2   23 Act —  Tgt —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  —  —  —  
 Clone 13-3   24  gTt —  —  —  gaG  —  aAt  tAg —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 13-4  25  gTt  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  —  —  Gtt  —  cgA  
 Clone 13-5   26  gTt  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  —  cgA  
 Clone 13-6   27 —  —  —  —   —  —  —  —  —  —  cCt  —  —  —  —  —  —  —  —  —  
 Clone 13-7   28  Act  —  Tgt  —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  —  —  —  
 Clone 13-8   29  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt gGc  —  —  —  —  
 Clone 13-9  30  gTt —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt —  cgA 
 Clone 13-10   31  Act —  Tgt —  gaT —  —  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  —  —  —  
NL 4 direct results        gaG   aAt      ctC    aTt    Gtt  Tca 
 Clone 4-1   ns  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-3   32 —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
 Clone 4-4   33 —  —  —  —  gaG  —  aAt —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-5   34  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-6   35  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC  —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca  —  
 Clone 4-7  36  —  —  —  —  gaG  —  aAt  —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt  —  —  Gtt  Tca —  
 Clone 4-8   37  —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
 Clone 4-9   38  —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  
 Clone 4-10   39  —  —  —  —  gaG —  aAt —  —  —  —  —  ctC —  —  aTt —  —  Gtt Tca —  

Only those codons that have substitutions are shown. In the first two rows, the sequence of both controls B95.8 (P-ala) and P3HRI (V-leu) and the corresponding SSCP lane (lanes B and H in Fig. 2, respectively) are denoted. The uppercase letters indicate the nucleotide that is substituted with respect to the B95.8 sequence and the lowercase letters indicate the nucleotides that do not change for each given codon. A dash (—) indicates no change (P-ala sequence). For each NL sample, the sequence derived from direct sequencing of PCR products is given and for each clone the SSCP wild type (wt) pattern and the lane number in Fig 2 (ns, not shown) are also given.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal