Table 1.

Primer Pairs and PCR Conditions for Screening of Mutation in H and Se Genes

NamePrimers (5′-3′)Inactivated Allele DetectedAnnealing TemperatureFragment SizesEnzyme
 
H gene mk1 CTCGAATTCCTCAGCCTCAGAGCATTTG EcoRI (h460°C 1,170 bp  — (Eam1105 I) 
 mk2 CTCAAGCTTCTACTTCAGAAAGTCTCCCTG HindIII 
 mk3 CTATCTGCAGGTTATGCCTCAGCTCT h1 62°C 78 bp Xba
 mk4 AACCAGTCCATGGCCTGCCGGAGG 
 mk5 GCAACCACACCATTATGACCATTG h2 62°C 116 bp Xho
 mk6 GATCTTCAGGAACTCAGAGTCTC
 mk7 AAGGGTGTGGTGGGCGACAGGGCC h3 62°C 101 bp Apa
 mk8 TCCATGCCGTTGCTGGTGACCACGA 
 mk9 TTCACGACTGGATGCGGAGGTh5 62°C 126 bp ApaLI 
 mk10 GCAGGGTGAACTCTCTGCGGATC 
 mk11 AACTTCACCCTGCCAGACTCTGAG h5 62°C 125 bp BstXI 
 mk12 GGCTCTCAAGGCTTAGCCAATGTC 
Se gene tk1 CTCGAATTCGGGCCTCCATCTCCCAGCTAAC EcoRI  65°C 1,170 bp 
 tk2 CTCAAGCTTGCTTCTCATGCCCGGGCACTC HindIII 
 tk5 CAGGATCCCCTGGCAGAACTACCACATTAA sej 65°C 98 bp Ase
 tk6 AGCAGGGGTAGCCGGTGAAGCGGACGTACT 
 tk7 AACGACTGGATGGAGGAGGAATACCGCAGSe2, sej 65°C 80 bp Alu
 tk8 AAGGTCCAGGAGCAGGGGTAGCCGGTGAAG 
Le gene sn1 CTCGAATTCTAAGCAGGAGATTGTCATCACTGACC EcoRI  60°C 1,615 bp 
 sn2 CTCAAGCTTCGTGCCGTGATGATCTCTCTGCAC HindIII 
 sn3 CCATGGCGCCGCTGTCTGGCCGCCle1, le2 62°C 93 bp Msp
 sn4 AGTGGCATCGTCTCGGGACACACG 
 sn6 CGCTCCTTCAGCTGGGCACTGGA le2 60°C 109 bp HindIII 
 sn7 CGGCCTCTCAGGTGAACCAAGAAGCT 
 sn8 ACTTGGAGCCACCCCCTAACTGCCA le1 70°C 206 bp Pvu II 
 sn9 TGAGTCCGGCTTCCAGTTGGACACC 
NamePrimers (5′-3′)Inactivated Allele DetectedAnnealing TemperatureFragment SizesEnzyme
 
H gene mk1 CTCGAATTCCTCAGCCTCAGAGCATTTG EcoRI (h460°C 1,170 bp  — (Eam1105 I) 
 mk2 CTCAAGCTTCTACTTCAGAAAGTCTCCCTG HindIII 
 mk3 CTATCTGCAGGTTATGCCTCAGCTCT h1 62°C 78 bp Xba
 mk4 AACCAGTCCATGGCCTGCCGGAGG 
 mk5 GCAACCACACCATTATGACCATTG h2 62°C 116 bp Xho
 mk6 GATCTTCAGGAACTCAGAGTCTC
 mk7 AAGGGTGTGGTGGGCGACAGGGCC h3 62°C 101 bp Apa
 mk8 TCCATGCCGTTGCTGGTGACCACGA 
 mk9 TTCACGACTGGATGCGGAGGTh5 62°C 126 bp ApaLI 
 mk10 GCAGGGTGAACTCTCTGCGGATC 
 mk11 AACTTCACCCTGCCAGACTCTGAG h5 62°C 125 bp BstXI 
 mk12 GGCTCTCAAGGCTTAGCCAATGTC 
Se gene tk1 CTCGAATTCGGGCCTCCATCTCCCAGCTAAC EcoRI  65°C 1,170 bp 
 tk2 CTCAAGCTTGCTTCTCATGCCCGGGCACTC HindIII 
 tk5 CAGGATCCCCTGGCAGAACTACCACATTAA sej 65°C 98 bp Ase
 tk6 AGCAGGGGTAGCCGGTGAAGCGGACGTACT 
 tk7 AACGACTGGATGGAGGAGGAATACCGCAGSe2, sej 65°C 80 bp Alu
 tk8 AAGGTCCAGGAGCAGGGGTAGCCGGTGAAG 
Le gene sn1 CTCGAATTCTAAGCAGGAGATTGTCATCACTGACC EcoRI  60°C 1,615 bp 
 sn2 CTCAAGCTTCGTGCCGTGATGATCTCTCTGCAC HindIII 
 sn3 CCATGGCGCCGCTGTCTGGCCGCCle1, le2 62°C 93 bp Msp
 sn4 AGTGGCATCGTCTCGGGACACACG 
 sn6 CGCTCCTTCAGCTGGGCACTGGA le2 60°C 109 bp HindIII 
 sn7 CGGCCTCTCAGGTGAACCAAGAAGCT 
 sn8 ACTTGGAGCCACCCCCTAACTGCCA le1 70°C 206 bp Pvu II 
 sn9 TGAGTCCGGCTTCCAGTTGGACACC 

or Create an Account

Close Modal
Close Modal