Table 2.

Observed somatic mutations in MYD88WT WM

GeneConsequenceChrPositionVariantProteinCOSMICCADD
BCL10 Nonsense 1 85733609 T/A p.135R>* COSM220638 38 
BCL10 Frameshift 1 85733357-8 −/AGAGTTTGCACAAG p.-/218-219LVQTX  NA 
 
CXCR4 Deletion 2 136872441-82 TCTGTTTCCACTGAGTC TGAGTCTTCAAGTTTT CACTCCAGCTaa/taa p.SVSTESESSSFH SS*339-353*  NA 
CXCR4 Frameshift 2 136872566-7 −/T p.T315NX  NA 
CXCR4 Missense 2 136873098 G/T p.R134S  26.9 
NFKBIZ Missense 3 101574709 A/C p.K45T  26.3 
TBL1XR1 Missense 3 176743302 A/G p.510L>S  26.1 
TBL1XR1 Missense 3 176744171 G/A p.S503L COSM5000343 34 
TBL1XR1 Splice acceptor 3 176750925 C/G NA  25.8 
TBL1XR1 Deletion 3 176756175-7 AAG/− p.SC324-325C COSM3205534 NA 
TBL1XR1 Nonsense 3 176767829 G/A p.Q220*  39 
TBL1XR1 Missense 3 176768267 C/G p.G187GR  33 
TBL1XR1 Frameshift 3 176769342 T/− p.N126NX COSM1420706 34 
PTPN13 Missense 4 87556423 T/A p.L5Q  33 
PTPN13 Missense 4 87656789 G/T p.A732S COSM5019859 27.6 
PTPN13 Missense 4 87683919 A/C p.N1198T  3.649 
PTPN13 Missense 4 87696460 C/A p.P1882Q COSM481650 25.4 
NFKB1 Missense 4 103459060 G/A p.G69R  31 
KMT2C Nonsense 7 151891205 C/A p.G1517* COSM3304224 41 
NOTCH1 Nonsense 9 139390945 G/A p.Q2416* COSM4775108 41 
NFKB2 Deletion 10 104160996-1855 NA NA  NA 
NFKB2 Deletion 10 104160849-1688 NA NA  NA 
ATM Nonsense 11 108175504 C/T p.Q1867*  37 
ATM Missense 11 108204685 T/C p.M2667T  26.3 
KMT2D Frameshift 12 49433373-4 −/G CCG CCCCCCT p.-2691-  NA 
2692AAPX 
KMT2D Missense 12 49445543 T/G p.E641D  5.499 
KMT2D Missense 12 49446710 G/T p.P367Q  11.92 
KMT2D Frameshift 12 49448408 G/− p.G101X'  NA 
TP53 Missense 17 7577108 C/A p.C277F COSM562338 34 
TP53 Missense 17 7577114 C/A p.C275F COSM99932 34 
MALT1 Nonsense 18 56414859 C/T p.Q743*  36 
MALT1 Nonsense 18 56414882 C/A p.Y750*  36 
NFKBIB Frameshift 19 39398226-7 CT/− p.P299X COSM5081722 NA 
UFD1L Missense 22 19443248 C/A p.G145V  23.6 
KDM6A Missense X 44911044 T/A p.L249I  25.4 
KDM6A Frameshift X 44942757 G/− p.V1113X COSM5031082 NA 
KDM6A Frameshift X 44922936-7 −/GGAAGTGGAAGT p-/.599-  NA 
AAT GGAAAC GTGCC 600GSGSNGNVX 
GeneConsequenceChrPositionVariantProteinCOSMICCADD
BCL10 Nonsense 1 85733609 T/A p.135R>* COSM220638 38 
BCL10 Frameshift 1 85733357-8 −/AGAGTTTGCACAAG p.-/218-219LVQTX  NA 
 
CXCR4 Deletion 2 136872441-82 TCTGTTTCCACTGAGTC TGAGTCTTCAAGTTTT CACTCCAGCTaa/taa p.SVSTESESSSFH SS*339-353*  NA 
CXCR4 Frameshift 2 136872566-7 −/T p.T315NX  NA 
CXCR4 Missense 2 136873098 G/T p.R134S  26.9 
NFKBIZ Missense 3 101574709 A/C p.K45T  26.3 
TBL1XR1 Missense 3 176743302 A/G p.510L>S  26.1 
TBL1XR1 Missense 3 176744171 G/A p.S503L COSM5000343 34 
TBL1XR1 Splice acceptor 3 176750925 C/G NA  25.8 
TBL1XR1 Deletion 3 176756175-7 AAG/− p.SC324-325C COSM3205534 NA 
TBL1XR1 Nonsense 3 176767829 G/A p.Q220*  39 
TBL1XR1 Missense 3 176768267 C/G p.G187GR  33 
TBL1XR1 Frameshift 3 176769342 T/− p.N126NX COSM1420706 34 
PTPN13 Missense 4 87556423 T/A p.L5Q  33 
PTPN13 Missense 4 87656789 G/T p.A732S COSM5019859 27.6 
PTPN13 Missense 4 87683919 A/C p.N1198T  3.649 
PTPN13 Missense 4 87696460 C/A p.P1882Q COSM481650 25.4 
NFKB1 Missense 4 103459060 G/A p.G69R  31 
KMT2C Nonsense 7 151891205 C/A p.G1517* COSM3304224 41 
NOTCH1 Nonsense 9 139390945 G/A p.Q2416* COSM4775108 41 
NFKB2 Deletion 10 104160996-1855 NA NA  NA 
NFKB2 Deletion 10 104160849-1688 NA NA  NA 
ATM Nonsense 11 108175504 C/T p.Q1867*  37 
ATM Missense 11 108204685 T/C p.M2667T  26.3 
KMT2D Frameshift 12 49433373-4 −/G CCG CCCCCCT p.-2691-  NA 
2692AAPX 
KMT2D Missense 12 49445543 T/G p.E641D  5.499 
KMT2D Missense 12 49446710 G/T p.P367Q  11.92 
KMT2D Frameshift 12 49448408 G/− p.G101X'  NA 
TP53 Missense 17 7577108 C/A p.C277F COSM562338 34 
TP53 Missense 17 7577114 C/A p.C275F COSM99932 34 
MALT1 Nonsense 18 56414859 C/T p.Q743*  36 
MALT1 Nonsense 18 56414882 C/A p.Y750*  36 
NFKBIB Frameshift 19 39398226-7 CT/− p.P299X COSM5081722 NA 
UFD1L Missense 22 19443248 C/A p.G145V  23.6 
KDM6A Missense X 44911044 T/A p.L249I  25.4 
KDM6A Frameshift X 44942757 G/− p.V1113X COSM5031082 NA 
KDM6A Frameshift X 44922936-7 −/GGAAGTGGAAGT p-/.599-  NA 
AAT GGAAAC GTGCC 600GSGSNGNVX 

CADD, combined annotation dependent depletion; chr, chromosome; COSMIC, Catalogue of Somatic Mutations in Cancer.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal