Table 2

6pLOH(+) AA cases and imputed allelic status of HLA alleles

UID6pUPD(+) fraction,* %Missing alleles
Retained alleles
ABCDRB1DQB1DPB1ABCDRB1DQB1DPB1
19 53.9 31:01†‡ 40:02† 03:04† 12:01 03:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 05:01 
12 51.8 02:01†‡ 40:02† 03:03 15:01 06:02 05:01 26:02 40:06 08:01 09:01 03:03 05:01 
17 51.6 24:02 13:01 03:04† 12:02 03:01 04:02 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
304 49.3 31:01†‡ 55:02 01:02 12:02 03:01 41:01 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 04:02 
11 48.0 02:06†‡ 40:02† 03:04† 15:01 06:02 ND‖ 11:01 67:01 07:02 16:02 05:02 ND‖ 
21 46.2 31:01‡§ 51:01 14:02 14:05 05:03 03:01 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 04:02 
24 44.9 31:01† 40:02† 03:04† 11:01 03:01 02:01 24:02 40:06 08:01 09:01 03:03 05:01 
26 44.3 31:01†‡§ 40:01 03:04† 04:05 04:01 03:01 26:03 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
27 43.5 02:06† 40:02† 03:04† 04:10 04:02 02:01 11:01 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
10 42.1 31:01† 40:02† 03:04† 08:03 06:01 02:01 24:02 51:01 14:02 09:01 03:03 02:01 
8 40.8 02:06†‡ 40:02† 03:03 12:01 03:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 04:02 
23 35.2 02:01† 40:02† 03:04† 09:01 03:03 02:01 24:02 54:01 01:02 04:05 04:01 04:02 
25 32.1 02:06†‡ No LOH 01:01 No LOH 
9 23.5 02:06†‡ 39:01 07:02 08:02 04:02 02:01 24:02 15:18 07:04 04:01 03:01 14:01 
20 21.7 26:01‡ 40:02† 03:03 15:01 06:02 05:01 02:18 46:01 01:02 08:03 06:01 05:01 
14 21.7 31:01†‡ 51:01 14:02 09:01 03:03 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
22 20.6 02:01† 39:01 07:02 08:03 06:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
18 17.6 02:01†‡ 40:06 08:01 09:01 03:03 02:01 24:02 35:01 03:03 15:01 06:02 04:02 
15 17.4 02:06† 40:06 08:01 09:01 03:03 02:01 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 02:01 
41 15.2† 31:01†‡ 35:01 03:03 09:01 03:03 03:01 26:01 39:01 07:02 08:03 06:01 05:01 
28 12.8 24:02 54:01 01:02 01:01 05:01 04:02 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
29 11.7 31:01† 40:02† 03:04† 15:01 06:02 02:01 24:02 54:01 01:02 04:05 04:01 05:01 
305 10.3 02:06†‡ 40:02† 15:02 15:02 06:01 04:01 24:02 51:01 14:02 09:01 03:03 02:01 
13 9.6 24:02‡ 40:02† 03:04† 15:01 06:02 02:01 02:01‡ 35:01 08:01 09:01 03:03 02:01 
306 8.5 24:02‡ 40:02† 03:04† 09:01 03:03 02:01 26:02 40:06 08:01 09:01 03:03 02:01 
16 8.1 11:01 40:06 08:01 No LOH 24:02 46:01 01:02 No LOH 
30 8.0 02:06† 39:01 07:02 No LOH 24:02 40:06 08:01 No LOH 
72 5.6 02:01† 40:02† 03:04† 09:01 03:03 05:01 02:07 46:01 01:02 08:03 06:01 02:02 
36 4.0 02:01†‡ ND ND# 15:02 06:01 09:01 24:02 ND ND# 15:02 06:01 09:01 
124 3.5 24:02 40:02† 03:04† 12:01 03:01 02:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
223 2.8 31:01†‡ 48:01 03:04† 09:01 03:03 05:01 02:06† 39:01 07:02 15:01 06:02 02:01 
215 2.8 31:01† 51:01 14:02 08:02 04:02 04:02 03:01 44:02 05:01 13:01 06:03 05:01 
181 1.3 02:06† 13:01 03:04† 12:02 03:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
97 1.0 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 05:01 02:01† 39:01 07:02 15:01 06:02 02:01 
252 0.9 ND** 40:02† 03:04† 09:01 03:03 05:01 ND** 46:01 01:02 04:05 04:01 05:01 
118 0.9 02:06‡§ 40:02† 03:04† 08:02 03:02 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
298 0.8 24:02 40:02† 03:04† 15:01 06:02 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
188 0.7 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 02:01† 52:01 12:02 11:01 03:01 05:01 
291 0.7 31:01† 51:01 14:02 15:01 06:02 02:01 24:02 40:01 03:04† 11:01 03:01 05:01 
196 0.2 ND†† (A*02:06/24:02, B*35:01/51:01, C*03:03/15:02, DRB1*04:03/15:01, DQB1*03:02/06:02, DPB1*0:201/02:01) 
UID6pUPD(+) fraction,* %Missing alleles
Retained alleles
ABCDRB1DQB1DPB1ABCDRB1DQB1DPB1
19 53.9 31:01†‡ 40:02† 03:04† 12:01 03:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 05:01 
12 51.8 02:01†‡ 40:02† 03:03 15:01 06:02 05:01 26:02 40:06 08:01 09:01 03:03 05:01 
17 51.6 24:02 13:01 03:04† 12:02 03:01 04:02 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
304 49.3 31:01†‡ 55:02 01:02 12:02 03:01 41:01 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 04:02 
11 48.0 02:06†‡ 40:02† 03:04† 15:01 06:02 ND‖ 11:01 67:01 07:02 16:02 05:02 ND‖ 
21 46.2 31:01‡§ 51:01 14:02 14:05 05:03 03:01 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 04:02 
24 44.9 31:01† 40:02† 03:04† 11:01 03:01 02:01 24:02 40:06 08:01 09:01 03:03 05:01 
26 44.3 31:01†‡§ 40:01 03:04† 04:05 04:01 03:01 26:03 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
27 43.5 02:06† 40:02† 03:04† 04:10 04:02 02:01 11:01 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
10 42.1 31:01† 40:02† 03:04† 08:03 06:01 02:01 24:02 51:01 14:02 09:01 03:03 02:01 
8 40.8 02:06†‡ 40:02† 03:03 12:01 03:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 04:02 
23 35.2 02:01† 40:02† 03:04† 09:01 03:03 02:01 24:02 54:01 01:02 04:05 04:01 04:02 
25 32.1 02:06†‡ No LOH 01:01 No LOH 
9 23.5 02:06†‡ 39:01 07:02 08:02 04:02 02:01 24:02 15:18 07:04 04:01 03:01 14:01 
20 21.7 26:01‡ 40:02† 03:03 15:01 06:02 05:01 02:18 46:01 01:02 08:03 06:01 05:01 
14 21.7 31:01†‡ 51:01 14:02 09:01 03:03 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
22 20.6 02:01† 39:01 07:02 08:03 06:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
18 17.6 02:01†‡ 40:06 08:01 09:01 03:03 02:01 24:02 35:01 03:03 15:01 06:02 04:02 
15 17.4 02:06† 40:06 08:01 09:01 03:03 02:01 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 02:01 
41 15.2† 31:01†‡ 35:01 03:03 09:01 03:03 03:01 26:01 39:01 07:02 08:03 06:01 05:01 
28 12.8 24:02 54:01 01:02 01:01 05:01 04:02 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
29 11.7 31:01† 40:02† 03:04† 15:01 06:02 02:01 24:02 54:01 01:02 04:05 04:01 05:01 
305 10.3 02:06†‡ 40:02† 15:02 15:02 06:01 04:01 24:02 51:01 14:02 09:01 03:03 02:01 
13 9.6 24:02‡ 40:02† 03:04† 15:01 06:02 02:01 02:01‡ 35:01 08:01 09:01 03:03 02:01 
306 8.5 24:02‡ 40:02† 03:04† 09:01 03:03 02:01 26:02 40:06 08:01 09:01 03:03 02:01 
16 8.1 11:01 40:06 08:01 No LOH 24:02 46:01 01:02 No LOH 
30 8.0 02:06† 39:01 07:02 No LOH 24:02 40:06 08:01 No LOH 
72 5.6 02:01† 40:02† 03:04† 09:01 03:03 05:01 02:07 46:01 01:02 08:03 06:01 02:02 
36 4.0 02:01†‡ ND ND# 15:02 06:01 09:01 24:02 ND ND# 15:02 06:01 09:01 
124 3.5 24:02 40:02† 03:04† 12:01 03:01 02:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
223 2.8 31:01†‡ 48:01 03:04† 09:01 03:03 05:01 02:06† 39:01 07:02 15:01 06:02 02:01 
215 2.8 31:01† 51:01 14:02 08:02 04:02 04:02 03:01 44:02 05:01 13:01 06:03 05:01 
181 1.3 02:06† 13:01 03:04† 12:02 03:01 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
97 1.0 24:02 07:02 07:02 01:01 05:01 05:01 02:01† 39:01 07:02 15:01 06:02 02:01 
252 0.9 ND** 40:02† 03:04† 09:01 03:03 05:01 ND** 46:01 01:02 04:05 04:01 05:01 
118 0.9 02:06‡§ 40:02† 03:04† 08:02 03:02 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
298 0.8 24:02 40:02† 03:04† 15:01 06:02 05:01 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 
188 0.7 24:02 52:01 12:02 15:02 06:01 09:01 02:01† 52:01 12:02 11:01 03:01 05:01 
291 0.7 31:01† 51:01 14:02 15:01 06:02 02:01 24:02 40:01 03:04† 11:01 03:01 05:01 
196 0.2 ND†† (A*02:06/24:02, B*35:01/51:01, C*03:03/15:02, DRB1*04:03/15:01, DQB1*03:02/06:02, DPB1*0:201/02:01) 

UID indicates unique ID.

*

The percentage of 6pUPD(+) fraction is derived from total peripheral blood leukocytes that include lymphoid as well as myeloid element.

†

HLA types significantly deviated to missing alleles.

‡

The allelic loss was confirmed by flow cytometry.

§

The missing haplotype was determined by flow cytometry.

‖

DPB1*04:02/05:01.

B*15:18/52:01.

#

C*08:01/12:02.

**

A*02:01/02:07.

††

Missing allele was not determined because copy number changes in these segments were not statistically significant.

View Large
Close Modal
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal