Table 2

List of 80 genes altered 48 hours after Bz test-dosing and linked to PFS

Probe setGene symbolChromosomal locationNo. probe sets on arrayP for PFSPFS HRMean log2 expression change (all patients)Mean log2 expression change (GEP80 low-risk)Mean log2 expression change (GEP80 high-risk)
Unfavorable genes         
    201754_at COX6C 8q22-q23 1 .00027 4.4 0.12 0.11 0.15 
    219110_at NOLA1 4q25 1 .0014 3.4 0.11 0.07 0.32 
    201652_at COPS5 8q13.2 1 .00093 3.2 0.12 0.08 0.31 
    200642_at SOD1 21q22.1 21q22.11 1 .0014 3.1 0.15 0.14 0.21 
    209251_x_at TUBA6 12q12-q14 2 .0017 3.0 0.12 0.10 0.19 
    200014_s_at HNRPC 14q11.2 7 .012 2.9 0.11 0.09 0.23 
    200039_s_at PSMB2 1p34.2 4 .0037 2.8 0.17 0.13 0.33 
    201252_at PSMC4 19q13.11-q13.13 1 .0082 2.7 0.16 0.11 0.37 
    226924_at LOC400657 18q22.3 1 .0043 2.6 0.11 0.10 0.16 
    225638_at C1orf31 1q42.2 1 .000 22 2.6 0.18 0.13 0.40 
    235346_at FUNDC1 Xp11.3 1 .0037 2.6 0.13 0.10 0.22 
    211069_s_at SUMO1 2q33 3 .012 2.6 0.10 0.08 0.18 
    202244_at PSMB4 1q21 3 .016 2.5 0.15 0.14 0.23 
    201400_at PSMB3 17q12 1 .0081 2.5 0.13 0.09 0.30 
    202596_at ENSA 1q21.2 5 .0091 2.4 0.12 0.09 0.26 
    202243_s_at PSMB4 1q21 3 .0098 2.4 0.19 0.17 0.28 
    218351_at COMMD8 4p12 1 .0044 2.4 0.16 0.15 0.19 
    223480_s_at MRPL47 3q26.33 2 .022 2.4 0.09 0.08 0.14 
    209503_s_at PSMC5 17q23-q25 1 .0062 2.3 0.17 0.11 0.45 
    212626_x_at HNRPC 14q11.2 7 .019 2.3 0.16 0.14 0.27 
    203396_at PSMA4 15q25.1 1 .013 2.3 0.14 0.12 0.18 
    200882_s_at PSMD4 1q21.2 4 .00046 2.3 0.19 0.14 0.42 
    201157_s_at NMT1 17q21.31 3 .016 2.3 0.12 0.09 0.24 
    200786_at PSMB7 9q34.11-q34.12 4 .0083 2.3 0.15 0.11 0.34 
    209628_at NXT2 Xq22.3 2 .000083 2.2 0.13 0.09 0.32 
    204587_at SLC25A14 Xq24 2 .0049 2.2 −0.10 −0.12 −0.03 
    210460_s_at PSMD4 1q21.2 4 .0012 2.2 0.19 0.14 0.44 
    200830_at PSMD2 3q27.1 1 .011 2.2 0.13 0.11 0.24 
    202690_s_at SNRPD1 18q11.2 2 .024 2.2 0.11 0.07 0.30 
    211609_x_at PSMD4 1q21.2 4 .0018 2.2 0.20 0.15 0.40 
    218566_s_at CHORDC1 11q14.3 2 .024 2.1 0.15 0.15 0.14 
    212296_at PSMD14 2q24.2 1 .015 2.1 0.23 0.21 0.31 
    217933_s_at LAP3 4p15.32 1 .0079 2.0 0.15 0.13 0.24 
    201114_x_at PSMA7 20q13.33 2 .023 1.9 0.21 0.18 0.37 
    205687_at UBPH 16p12 3 .014 1.8 0.16 0.14 0.23 
    210334_x_at BIRC5 17q25 4 .00029 1.8 −0.35 −0.43 0.02 
    229417_at STAU2 — 9 .0044 1.7 0.22 0.18 0.38 
    238996_x_at ALDOA 16q22-q24 3 .02 1.7 0.36 0.34 0.48 
    236554_x_at TMC8 17q25.3 2 .0015 1.7 0.24 0.26 0.12 
    229856_s_at C1orf128 1p36.11 3 .022 1.6 −0.32 −0.36 −0.16 
    214752_x_at FLNA Xq28 3 .01 1.5 0.18 0.13 0.41 
    208576_s_at HIST1H3B 6p21.3 1 .018 1.5 0.40 0.27 0.98 
    Average      0.13 0.10 0.28 
Favorable genes         
    202768_at FOSB 19q13.32 1 .025 0.8 −0.54 −0.48 −0.81 
    230292_at LOC644250 — 1 .012 0.8 −0.34 −0.24 −0.78 
    217513_at C17orf60 17q23.3 1 .022 0.8 0.32 0.26 0.59 
    1564423_a_at LZTR2 1q25.2 7 .019 0.7 −0.23 −0.11 −0.75 
    211302_s_at PDE4B 1p31 4 .018 0.7 −0.28 −0.23 −0.49 
    233909_at STAU2 — 9 .023 0.7 −0.40 −0.39 −0.41 
    215671_at PDE4B 1p31 4 .0023 0.7 −0.42 −0.43 −0.37 
    208869_s_at GABARAPL1 12p13.2 2 .023 0.7 0.20 0.22 0.14 
    1552542_s_at TAGAP 6q25.3 4 .0093 0.7 −0.19 −0.19 −0.19 
    1561060_at — — 1 .017 0.7 −0.27 −0.18 −0.65 
    1557633_at LOC643318 22q11.2 1 .025 0.7 −0.29 −0.19 −0.77 
    223961_s_at CISH 3p21.3 3 .00015 0.7 −0.32 −0.30 −0.45 
    202340_x_at NR4A1 12q13 3 .00027 0.7 −0.79 −0.67 −1.33 
    226499_at MGC61598 9q34.3 1 .017 0.7 −0.29 −0.28 −0.34 
    242548_x_at ANKRD37 4q35.1 2 .022 0.7 −0.39 −0.28 −0.91 
    228984_at KIAA1394 11q13.1 1 .0049 0.6 −0.29 −0.22 −0.61 
    229388_at — — 1 .012 0.6 0.22 0.21 0.25 
    1552519_at ACVR1C 2q24.1 1 .0018 0.6 −0.17 −0.18 −0.12 
    239343_at — 12q23.3 1 0.008 0.6 0.19 0.14 0.43 
    212960_at TBC1D9 4q31.21 2 0.0083 0.6 −0.19 −0.18 −0.24 
    236986_at — — 1 0.0025 0.6 −0.13 −0.07 −0.39 
    223643_at CRYGS 3q25-qter 2 0.023 0.6 −0.18 −0.10 −0.52 
    203708_at PDE4B 1p31 4 0.0018 0.6 −0.25 −0.20 −0.44 
    221223_x_at CISH 3p21.3 3 7.20E-06 0.5 −0.20 −0.16 −0.37 
    213658_at ZNF710 — 9 0.0097 0.5 −0.12 −0.08 −0.34 
    238801_at RBM33 7q36.3 3 0.004 0.5 −0.26 −0.28 −0.19 
    235670_at STX11 — 2 0.018 0.5 −0.14 −0.14 −0.13 
    225582_at KIAA1754 10q25.1 1 0.0074 0.5 −0.14 −0.17 −0.04 
    227524_at — — 1 0.01 0.5 −0.17 −0.14 −0.33 
    239082_at — — 1 0.0016 0.5 −0.11 −0.09 −0.17 
    223377_x_at CISH 3p21.3 3 0.000 24 0.5 −0.18 −0.16 −0.31 
    216215_s_at RPL41 22q13.1 4 0.000 13 0.5 −0.16 −0.14 −0.27 
    212050_at WIRE 17q21.2 5 0.0079 0.5 −0.10 −0.10 −0.11 
    200673_at LAPTM4A 2p24.1 1 0.021 0.4 0.12 0.12 0.13 
    223250_at KLHL7 7p15.3 4 0.023 0.4 0.09 0.10 0.07 
    227893_at C9orf130 9q22.32 4 0.018 0.4 0.16 0.18 0.03 
    223215_s_at C14orf100 14q23.1 2 0.013 0.4 0.12 0.12 0.11 
    226399_at — — 1 0.0092 0.4 0.09 0.08 0.17 
    Average      −0.16 −0.13 −0.29 
Probe setGene symbolChromosomal locationNo. probe sets on arrayP for PFSPFS HRMean log2 expression change (all patients)Mean log2 expression change (GEP80 low-risk)Mean log2 expression change (GEP80 high-risk)
Unfavorable genes         
    201754_at COX6C 8q22-q23 1 .00027 4.4 0.12 0.11 0.15 
    219110_at NOLA1 4q25 1 .0014 3.4 0.11 0.07 0.32 
    201652_at COPS5 8q13.2 1 .00093 3.2 0.12 0.08 0.31 
    200642_at SOD1 21q22.1 21q22.11 1 .0014 3.1 0.15 0.14 0.21 
    209251_x_at TUBA6 12q12-q14 2 .0017 3.0 0.12 0.10 0.19 
    200014_s_at HNRPC 14q11.2 7 .012 2.9 0.11 0.09 0.23 
    200039_s_at PSMB2 1p34.2 4 .0037 2.8 0.17 0.13 0.33 
    201252_at PSMC4 19q13.11-q13.13 1 .0082 2.7 0.16 0.11 0.37 
    226924_at LOC400657 18q22.3 1 .0043 2.6 0.11 0.10 0.16 
    225638_at C1orf31 1q42.2 1 .000 22 2.6 0.18 0.13 0.40 
    235346_at FUNDC1 Xp11.3 1 .0037 2.6 0.13 0.10 0.22 
    211069_s_at SUMO1 2q33 3 .012 2.6 0.10 0.08 0.18 
    202244_at PSMB4 1q21 3 .016 2.5 0.15 0.14 0.23 
    201400_at PSMB3 17q12 1 .0081 2.5 0.13 0.09 0.30 
    202596_at ENSA 1q21.2 5 .0091 2.4 0.12 0.09 0.26 
    202243_s_at PSMB4 1q21 3 .0098 2.4 0.19 0.17 0.28 
    218351_at COMMD8 4p12 1 .0044 2.4 0.16 0.15 0.19 
    223480_s_at MRPL47 3q26.33 2 .022 2.4 0.09 0.08 0.14 
    209503_s_at PSMC5 17q23-q25 1 .0062 2.3 0.17 0.11 0.45 
    212626_x_at HNRPC 14q11.2 7 .019 2.3 0.16 0.14 0.27 
    203396_at PSMA4 15q25.1 1 .013 2.3 0.14 0.12 0.18 
    200882_s_at PSMD4 1q21.2 4 .00046 2.3 0.19 0.14 0.42 
    201157_s_at NMT1 17q21.31 3 .016 2.3 0.12 0.09 0.24 
    200786_at PSMB7 9q34.11-q34.12 4 .0083 2.3 0.15 0.11 0.34 
    209628_at NXT2 Xq22.3 2 .000083 2.2 0.13 0.09 0.32 
    204587_at SLC25A14 Xq24 2 .0049 2.2 −0.10 −0.12 −0.03 
    210460_s_at PSMD4 1q21.2 4 .0012 2.2 0.19 0.14 0.44 
    200830_at PSMD2 3q27.1 1 .011 2.2 0.13 0.11 0.24 
    202690_s_at SNRPD1 18q11.2 2 .024 2.2 0.11 0.07 0.30 
    211609_x_at PSMD4 1q21.2 4 .0018 2.2 0.20 0.15 0.40 
    218566_s_at CHORDC1 11q14.3 2 .024 2.1 0.15 0.15 0.14 
    212296_at PSMD14 2q24.2 1 .015 2.1 0.23 0.21 0.31 
    217933_s_at LAP3 4p15.32 1 .0079 2.0 0.15 0.13 0.24 
    201114_x_at PSMA7 20q13.33 2 .023 1.9 0.21 0.18 0.37 
    205687_at UBPH 16p12 3 .014 1.8 0.16 0.14 0.23 
    210334_x_at BIRC5 17q25 4 .00029 1.8 −0.35 −0.43 0.02 
    229417_at STAU2 — 9 .0044 1.7 0.22 0.18 0.38 
    238996_x_at ALDOA 16q22-q24 3 .02 1.7 0.36 0.34 0.48 
    236554_x_at TMC8 17q25.3 2 .0015 1.7 0.24 0.26 0.12 
    229856_s_at C1orf128 1p36.11 3 .022 1.6 −0.32 −0.36 −0.16 
    214752_x_at FLNA Xq28 3 .01 1.5 0.18 0.13 0.41 
    208576_s_at HIST1H3B 6p21.3 1 .018 1.5 0.40 0.27 0.98 
    Average      0.13 0.10 0.28 
Favorable genes         
    202768_at FOSB 19q13.32 1 .025 0.8 −0.54 −0.48 −0.81 
    230292_at LOC644250 — 1 .012 0.8 −0.34 −0.24 −0.78 
    217513_at C17orf60 17q23.3 1 .022 0.8 0.32 0.26 0.59 
    1564423_a_at LZTR2 1q25.2 7 .019 0.7 −0.23 −0.11 −0.75 
    211302_s_at PDE4B 1p31 4 .018 0.7 −0.28 −0.23 −0.49 
    233909_at STAU2 — 9 .023 0.7 −0.40 −0.39 −0.41 
    215671_at PDE4B 1p31 4 .0023 0.7 −0.42 −0.43 −0.37 
    208869_s_at GABARAPL1 12p13.2 2 .023 0.7 0.20 0.22 0.14 
    1552542_s_at TAGAP 6q25.3 4 .0093 0.7 −0.19 −0.19 −0.19 
    1561060_at — — 1 .017 0.7 −0.27 −0.18 −0.65 
    1557633_at LOC643318 22q11.2 1 .025 0.7 −0.29 −0.19 −0.77 
    223961_s_at CISH 3p21.3 3 .00015 0.7 −0.32 −0.30 −0.45 
    202340_x_at NR4A1 12q13 3 .00027 0.7 −0.79 −0.67 −1.33 
    226499_at MGC61598 9q34.3 1 .017 0.7 −0.29 −0.28 −0.34 
    242548_x_at ANKRD37 4q35.1 2 .022 0.7 −0.39 −0.28 −0.91 
    228984_at KIAA1394 11q13.1 1 .0049 0.6 −0.29 −0.22 −0.61 
    229388_at — — 1 .012 0.6 0.22 0.21 0.25 
    1552519_at ACVR1C 2q24.1 1 .0018 0.6 −0.17 −0.18 −0.12 
    239343_at — 12q23.3 1 0.008 0.6 0.19 0.14 0.43 
    212960_at TBC1D9 4q31.21 2 0.0083 0.6 −0.19 −0.18 −0.24 
    236986_at — — 1 0.0025 0.6 −0.13 −0.07 −0.39 
    223643_at CRYGS 3q25-qter 2 0.023 0.6 −0.18 −0.10 −0.52 
    203708_at PDE4B 1p31 4 0.0018 0.6 −0.25 −0.20 −0.44 
    221223_x_at CISH 3p21.3 3 7.20E-06 0.5 −0.20 −0.16 −0.37 
    213658_at ZNF710 — 9 0.0097 0.5 −0.12 −0.08 −0.34 
    238801_at RBM33 7q36.3 3 0.004 0.5 −0.26 −0.28 −0.19 
    235670_at STX11 — 2 0.018 0.5 −0.14 −0.14 −0.13 
    225582_at KIAA1754 10q25.1 1 0.0074 0.5 −0.14 −0.17 −0.04 
    227524_at — — 1 0.01 0.5 −0.17 −0.14 −0.33 
    239082_at — — 1 0.0016 0.5 −0.11 −0.09 −0.17 
    223377_x_at CISH 3p21.3 3 0.000 24 0.5 −0.18 −0.16 −0.31 
    216215_s_at RPL41 22q13.1 4 0.000 13 0.5 −0.16 −0.14 −0.27 
    212050_at WIRE 17q21.2 5 0.0079 0.5 −0.10 −0.10 −0.11 
    200673_at LAPTM4A 2p24.1 1 0.021 0.4 0.12 0.12 0.13 
    223250_at KLHL7 7p15.3 4 0.023 0.4 0.09 0.10 0.07 
    227893_at C9orf130 9q22.32 4 0.018 0.4 0.16 0.18 0.03 
    223215_s_at C14orf100 14q23.1 2 0.013 0.4 0.12 0.12 0.11 
    226399_at — — 1 0.0092 0.4 0.09 0.08 0.17 
    Average      −0.16 −0.13 −0.29 

Genes are ordered by descending hazard ratio (HR).

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal