Table 1.

Effects of lentivirally encoded shRNAs on colony formation of CML CD34+ cells and normal CD34+ cells

RFP+ colonies/total colony number, %
Sample, dcH1-shRNA-SR
High cytokine concentration
Low cytokine concentration
Comparison of RFP positivity between low and high cytokine condition, %
CML CD34+ cells    
   A (b3a2)     
      GL4   33   33   100  
      b3a2   21   13   62  
      237SHP2   30   12   40  
   B (b3a2)     
      GL4   23   21   92  
      b3a2   17   9   53  
      237SHP2   34   17   50  
   C (b3a2)     
      GL4   25   21   84  
      b3a2   21   10   48  
      594SHP2   56   20   36  
      714SHP2   11   5   45  
   D (b3a2)     
      GL4   44   38   86  
      b3a2   33   16   48  
      714SHP2   22   11   50  
   E (b2a2)     
      GL4   24   20   84  
      GFP   22   19   86  
      594SHP2   15   5   33  
      STAT5   16   6   37  
   E.2 (b2a2)     
      GL4   56   51   91  
      237SHP2   70   40   57  
      Gab2   49   27   55  
      STAT5   31   16   52  
   F (b2a2)     
      GL4   11   10   91  
      GFP   11   10   91  
      237SHP2   5   2   40  
      594SHP2   3   0   0  
      STAT5   7   0   0  
   G (b2a2)     
      GL4   38   36   95  
      b3a2   46   38   83  
      237SHP2   14   2   14  
      STAT5   13   4   31  
   H (b3a2)     
      GL4   57   50   88  
      b3a2   50   23   46  
      237SHP2   43   23   53  
      594SHP2   58   27   46  
      Gab2   25   18   72  
      STAT5   64   10   16  
   I (b3a2)     
      GL4   32   33   103  
      b3a2   6   0   0  
      237SHP2   15   0   0  
   J (b2a2)     
      GL4   50   54   108  
      237SHP2   23   15   65  
      Gab2   24   12   50  
      STAT5   19   9   47  
   K (b2a2)     
      GL4   12   11   92  
      237SHP2   63   32   51  
      Gab2   24   12   50  
      STAT5   33   14   42  
   L (b3a2)     
      GL4   34   33   96  
      b3a2   11   3   27  
      237SHP2   11   6   54  
Normal CD34+ cells    
   A     
      GL4   47   40   85  
      b3a2   34   30   88  
      237SHP2   28   26   93  
      714SHP2   27   22   82  
   B     
      GL4   29   25   86  
      237SHP2   9   10   111  
      594SHP2   12   13   108  
      714SHP2   16   15   94  
      Gab2   25   23   92  
   C     
      GL4   53   52   98  
      b3a2   30   35   117  
      237SHP2   27   25   93  
   D     
      GL4   34   35   103  
      237SHP2   21   21   100  
      594SHP2   21   23   109  
      Gab2   20   17   85  
      STAT5   26   19   73  
   E     
      GL4   32   35   109  
      594SHP2   28   32   114  
      STAT5   42   32   76  
   F     
      GL4   28   27   96  
      Gab2   25   25   100  
      STAT5
 		 16
 		 14
 		 88
 
RFP+ colonies/total colony number, %
Sample, dcH1-shRNA-SR
High cytokine concentration
Low cytokine concentration
Comparison of RFP positivity between low and high cytokine condition, %
CML CD34+ cells    
   A (b3a2)     
      GL4   33   33   100  
      b3a2   21   13   62  
      237SHP2   30   12   40  
   B (b3a2)     
      GL4   23   21   92  
      b3a2   17   9   53  
      237SHP2   34   17   50  
   C (b3a2)     
      GL4   25   21   84  
      b3a2   21   10   48  
      594SHP2   56   20   36  
      714SHP2   11   5   45  
   D (b3a2)     
      GL4   44   38   86  
      b3a2   33   16   48  
      714SHP2   22   11   50  
   E (b2a2)     
      GL4   24   20   84  
      GFP   22   19   86  
      594SHP2   15   5   33  
      STAT5   16   6   37  
   E.2 (b2a2)     
      GL4   56   51   91  
      237SHP2   70   40   57  
      Gab2   49   27   55  
      STAT5   31   16   52  
   F (b2a2)     
      GL4   11   10   91  
      GFP   11   10   91  
      237SHP2   5   2   40  
      594SHP2   3   0   0  
      STAT5   7   0   0  
   G (b2a2)     
      GL4   38   36   95  
      b3a2   46   38   83  
      237SHP2   14   2   14  
      STAT5   13   4   31  
   H (b3a2)     
      GL4   57   50   88  
      b3a2   50   23   46  
      237SHP2   43   23   53  
      594SHP2   58   27   46  
      Gab2   25   18   72  
      STAT5   64   10   16  
   I (b3a2)     
      GL4   32   33   103  
      b3a2   6   0   0  
      237SHP2   15   0   0  
   J (b2a2)     
      GL4   50   54   108  
      237SHP2   23   15   65  
      Gab2   24   12   50  
      STAT5   19   9   47  
   K (b2a2)     
      GL4   12   11   92  
      237SHP2   63   32   51  
      Gab2   24   12   50  
      STAT5   33   14   42  
   L (b3a2)     
      GL4   34   33   96  
      b3a2   11   3   27  
      237SHP2   11   6   54  
Normal CD34+ cells    
   A     
      GL4   47   40   85  
      b3a2   34   30   88  
      237SHP2   28   26   93  
      714SHP2   27   22   82  
   B     
      GL4   29   25   86  
      237SHP2   9   10   111  
      594SHP2   12   13   108  
      714SHP2   16   15   94  
      Gab2   25   23   92  
   C     
      GL4   53   52   98  
      b3a2   30   35   117  
      237SHP2   27   25   93  
   D     
      GL4   34   35   103  
      237SHP2   21   21   100  
      594SHP2   21   23   109  
      Gab2   20   17   85  
      STAT5   26   19   73  
   E     
      GL4   32   35   109  
      594SHP2   28   32   114  
      STAT5   42   32   76  
   F     
      GL4   28   27   96  
      Gab2   25   25   100  
      STAT5
 		 16
 		 14
 		 88
 

Cultures were stimulated with high (20 ng/mL GM-CSF, 10 ng/mL IL-3) or low cytokine concentration (0.2 ng/mL GM-CSF, 0.1 ng/mL IL-3). The right column indicates the relative amount of the RFP+ colony ratio under low stimulation (ratio at high concentration set as 100% for each lane).

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