Table 2.

Detailed gene variants information in genetically defined CN

No.GeneLocationNucleotide changeProtein levelInheritanceNovel mutation∗ Clinical significance† Reference (PMID‡)
1 ELANE Exon1 c.1A>G p.M1V De novo No Pathogenic 24184683 
2 ELANE Exon1 c.1A>G p.M1V De novo No Pathogenic 24184683 
3 ELANE Exon1 c.3G>A p.M1I De novo No Pathogenic 24184683 
4 ELANE Exon2 c.140T>G p.L47R De novo Yes Pathogenic NA§  
5‖  ELANE Exon2 c.158A>G p.H53R De novo No Pathogenic NA§  
6 ELANE Exon2 c.164G>A p.C55Y NA§  No Pathogenic 16986121 
7 ELANE Exon2 c.164G>A p.C55Y Paternal No Pathogenic 16986121 
8 ELANE Exon2 c.212G>T p.C71F De novo No Pathogenic 31839986 
9 ELANE Exon3 c.242G>C p.R81P De novo No Likely Pathogenic 16986121 
10  ELANE Exon3 c.269_277del p.R91Afs∗175 De novo Yes NA§  NA§  
 ELANE Exon3 c.278A>G p.E93G De novo Yes Pathogenic NA§  
11‖  ELANE Exon3 c.308G>T p.R103L De novo No Likely Pathogenic 17761833 
12 ELANE Exon3 c.362T>C p.L121P De novo No Likely Pathogenic NA§  
13 ELANE Exon4 c.368T>A p.L123H NA Yes Pathogenic NA§  
14 ELANE Exon4 c.377C>T p.S126L De novo No Pathogenic 28492532, 11001877, 14962902, 16079102, 16737875, 18611981, 20582973, 22758217, 23463630, 16551967, 26567890 
15 ELANE Exon4 c.401_415del p.Q134 _L138del De novo Yes NA§  NA§  
16‖  ELANE Exon4 c.416C>T p.P139L NA No Pathogenic 11001877, 23463630, 21425445, 14962902, 30040071, 16079102, 31321910, 31248972 
17 ELANE Exon4 c.452G>A p.C151Y NA§  No Pathogenic 24523240, 25427142, 11675333, 23463630 
18 ELANE Exon4 c.452G>C p.C151S De novo No Pathogenic 23463630 
19 ELANE Exon4 c.588delC p.V197Sfs∗15 Paternal No NA§  25427142 
20 ELANE Exon4 c.588delC p.V197Sfs∗15 Paternal No NA§  25427142 
21‖  ELANE Exon4 c.597+4C>G splicing NA§  Yes NA§  NA§  
22 ELANE Exon5 c.601del p.D201Tfs∗11 De novo Yes NA§  NA§  
23 ELANE Exon5 c.607G>C p.G203R NA§  No Pathogenic 23463630 
24 ELANE Exon5 c.608G>A p.G203D De novo Yes Pathogenic NA§  
25 ELANE Exon5 c.608G>A p.G203D De novo Yes Pathogenic NA§  
26 ELANE Exon5 c.622T>C p.C208R paternal Yes Pathogenic NA§  
27 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
28 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
29 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
30 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
31 ELANE Exon5 c.641G>A p.G214E De novo No Likely Pathogenic NA§  
32 ELANE Exon5 c.651delC p.F218fs De novo Yes NA NA§  
33 ELANE Exon5 c.658delC p.R220fs∗20 De novo No Pathogenic 26174650 
34 ELANE Exon5 c.661G>T p.G221X De novo No Uncertain Significance 11001877 
35 ELANE Exon5 c.684C>G p.Y228X De novo No NA§  32054657 
36 ELANE Exon5 c.704T>G p.V235G De novo Yes Pathogenic NA 
37 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Maternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
 HAX1 Exon5 c.557-1G>C splicing Paternal No Likely Pathogenic 16199547, 17187068 
38 HAX1 Exon2 c.216_217insC p.I73Hfs∗6 Maternal No Pathogenic 17187068 
 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Paternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
39 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Maternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Paternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
40 HAX1 Exon3 c.486_487dup p.Q163Pfs∗52 Maternal Yes NA§  NA§  
 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Paternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
41 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X NA No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
42 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X NA No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
43 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X NA No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
44 CXCR4 Exon2 c.1032dupT p.E345X De novo Yes NA§  NA§  
45 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X De novo No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
46 SBDS Exon2 c.184A>T p.K62X Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 33607811
37885353 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
47 SBDS Exon2 c.184A>T p.K62X Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 33607811
37885353 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
48 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Maternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
49 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Maternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
50 SBDS Exon2 c.183_184TA>CT p.K62X Maternal No Pathogenic 12496757, 15769891, 32412173 
 SBDS Exon2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
51 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Maternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
 SBDS Exon2 c.183_184TA>CT p.K62X Paternal No Pathogenic 12496757, 15769891, 32412173 
52 SBDS Exon2 c.184A>T p.K62X Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 33607811
37885353 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
53 SBDS Exon2 c.183_184TA>CT p.K62X Maternal No Pathogenic 12496757, 15769891, 32412173 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
54 WAS Exon9 c.881T>C p.I294T Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 11242115, 19006568 
55 G6PC3 Exon3 c.394C>T p.Q132X Maternal Yes NA NA 
56 SPR54 Exon5 c.349_351del p.T117del De novo No Pathogenic 29914977, 36159802 
No.GeneLocationNucleotide changeProtein levelInheritanceNovel mutation∗ Clinical significance† Reference (PMID‡)
1 ELANE Exon1 c.1A>G p.M1V De novo No Pathogenic 24184683 
2 ELANE Exon1 c.1A>G p.M1V De novo No Pathogenic 24184683 
3 ELANE Exon1 c.3G>A p.M1I De novo No Pathogenic 24184683 
4 ELANE Exon2 c.140T>G p.L47R De novo Yes Pathogenic NA§  
5‖  ELANE Exon2 c.158A>G p.H53R De novo No Pathogenic NA§  
6 ELANE Exon2 c.164G>A p.C55Y NA§  No Pathogenic 16986121 
7 ELANE Exon2 c.164G>A p.C55Y Paternal No Pathogenic 16986121 
8 ELANE Exon2 c.212G>T p.C71F De novo No Pathogenic 31839986 
9 ELANE Exon3 c.242G>C p.R81P De novo No Likely Pathogenic 16986121 
10  ELANE Exon3 c.269_277del p.R91Afs∗175 De novo Yes NA§  NA§  
 ELANE Exon3 c.278A>G p.E93G De novo Yes Pathogenic NA§  
11‖  ELANE Exon3 c.308G>T p.R103L De novo No Likely Pathogenic 17761833 
12 ELANE Exon3 c.362T>C p.L121P De novo No Likely Pathogenic NA§  
13 ELANE Exon4 c.368T>A p.L123H NA Yes Pathogenic NA§  
14 ELANE Exon4 c.377C>T p.S126L De novo No Pathogenic 28492532, 11001877, 14962902, 16079102, 16737875, 18611981, 20582973, 22758217, 23463630, 16551967, 26567890 
15 ELANE Exon4 c.401_415del p.Q134 _L138del De novo Yes NA§  NA§  
16‖  ELANE Exon4 c.416C>T p.P139L NA No Pathogenic 11001877, 23463630, 21425445, 14962902, 30040071, 16079102, 31321910, 31248972 
17 ELANE Exon4 c.452G>A p.C151Y NA§  No Pathogenic 24523240, 25427142, 11675333, 23463630 
18 ELANE Exon4 c.452G>C p.C151S De novo No Pathogenic 23463630 
19 ELANE Exon4 c.588delC p.V197Sfs∗15 Paternal No NA§  25427142 
20 ELANE Exon4 c.588delC p.V197Sfs∗15 Paternal No NA§  25427142 
21‖  ELANE Exon4 c.597+4C>G splicing NA§  Yes NA§  NA§  
22 ELANE Exon5 c.601del p.D201Tfs∗11 De novo Yes NA§  NA§  
23 ELANE Exon5 c.607G>C p.G203R NA§  No Pathogenic 23463630 
24 ELANE Exon5 c.608G>A p.G203D De novo Yes Pathogenic NA§  
25 ELANE Exon5 c.608G>A p.G203D De novo Yes Pathogenic NA§  
26 ELANE Exon5 c.622T>C p.C208R paternal Yes Pathogenic NA§  
27 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
28 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
29 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
30 ELANE Exon5 c.640G>A p.G214R De novo No Pathogenic 11001877, 15657182, 16079102, 28073911, 30386760, 3229910 
31 ELANE Exon5 c.641G>A p.G214E De novo No Likely Pathogenic NA§  
32 ELANE Exon5 c.651delC p.F218fs De novo Yes NA NA§  
33 ELANE Exon5 c.658delC p.R220fs∗20 De novo No Pathogenic 26174650 
34 ELANE Exon5 c.661G>T p.G221X De novo No Uncertain Significance 11001877 
35 ELANE Exon5 c.684C>G p.Y228X De novo No NA§  32054657 
36 ELANE Exon5 c.704T>G p.V235G De novo Yes Pathogenic NA 
37 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Maternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
 HAX1 Exon5 c.557-1G>C splicing Paternal No Likely Pathogenic 16199547, 17187068 
38 HAX1 Exon2 c.216_217insC p.I73Hfs∗6 Maternal No Pathogenic 17187068 
 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Paternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
39 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Maternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Paternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
40 HAX1 Exon3 c.486_487dup p.Q163Pfs∗52 Maternal Yes NA§  NA§  
 HAX1 Exon3 c.430dupG p.V144Gfs∗5 Paternal No Pathogenic 28492532, 17187068, 18337561, 20065084, 20220065, 22102707, 24482108 
41 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X NA No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
42 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X NA No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
43 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X NA No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
44 CXCR4 Exon2 c.1032dupT p.E345X De novo Yes NA§  NA§  
45 CXCR4 Exon2 c.1000C>T p.R334X De novo No Pathogenic 31313072, 12692554, 25662009, 31493092 
46 SBDS Exon2 c.184A>T p.K62X Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 33607811
37885353 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
47 SBDS Exon2 c.184A>T p.K62X Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 33607811
37885353 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
48 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Maternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
49 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Maternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
50 SBDS Exon2 c.183_184TA>CT p.K62X Maternal No Pathogenic 12496757, 15769891, 32412173 
 SBDS Exon2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
51 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Maternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
 SBDS Exon2 c.183_184TA>CT p.K62X Paternal No Pathogenic 12496757, 15769891, 32412173 
52 SBDS Exon2 c.184A>T p.K62X Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 33607811
37885353 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
53 SBDS Exon2 c.183_184TA>CT p.K62X Maternal No Pathogenic 12496757, 15769891, 32412173 
 SBDS Intron2 c.258+2T>C splicing Paternal No Pathogenic 12496757, 22935661, 21695142, 14749921 
54 WAS Exon9 c.881T>C p.I294T Maternal No Pathogenic/likely pathogenic 11242115, 19006568 
55 G6PC3 Exon3 c.394C>T p.Q132X Maternal Yes NA NA 
56 SPR54 Exon5 c.349_351del p.T117del De novo No Pathogenic 29914977, 36159802 
∗

Novel variant denotes that the variant was not reported in the NCBI website ClinVar database and GnomAD database. We also referred to ELANE mutations published previously.15-18 

†

Clinical significance represents the assessment of the variant in the ClinVar database or the predicted pathogenicity using polyphen-2.

‡

Reference PMID represents the number of the reported or referenced literature in Pubmed for the mutation.

§

NA, not available.

‖

Cyclic neutropenia (CyN).

Compound heterozygous mutations. P19 and P20, as well as P28 and P29, are from 2 separate twin families. The father of P19 and P20 has the same compound heterozygous mutations and presented with neutropenia, recurrent respiratory infections, and oral ulcers. P26 inherited the p.C208R variant from his father, whose blood tests were suggestive of neutropenia, although the exact neutrophil count was not recorded.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal