Table 1.

Diagnoses, cytogenetics, and mutations in patients with GATA2 deficiency

PtFamily pedigreeGATA2 mutationDiseaseCytogeneticsSexInheritanceBMTSurvivalCommon mutationsTotal filtered variants
35.III.3 c.1061C>T; p.T354M MDS Trisomy 8 Familial Yes Deceased 
25.II.1 c.1017 + 572C>T G2BMID Normal Familial No Deceased ASXL1, PTPN11, SMC1A, STAG2 
8.I.1 c.243_244delAinsGC; p.G82fs G2BMID Normal De novo Yes Alive DNMT3A, STAG2 
12.I.1 c.1084_1095del12; p.R362del4 MDS Monosomy 7, trisomy 21 Unknown Yes Deceased 10 
17.I.1 c.1061C>T; p.T354M MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
17.II.1 c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal Familial Yes Alive STAG2 
26.I.1 c.302delG; p.G101fs CMML del(11)(q13q23) Unknown Yes Deceased ASXL1, CBL, DNMT3A 13 
34.II.2 c.1116_1130del15; p.C373del5 MDS Monosomy 7 Familial Yes Deceased STAG2 
34.I.1 c.1116_1130del15; p.C373del5 G2BMID Normal Familial No Alive 
10 31.II.2 c.1187G>A; p.R396Q G2BMID Normal Familial Yes Alive STAG2 
11 27.I.1 c.586_593dup; p.G199fs MDS del(9)(q13q22) Familial Yes Alive ASXL1 
12 39.I.2 c.988C>T; p.R330X MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
13 39.I.1 c.988C>T; p.R330X MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2 
14 15.I.1 c.1186C>T; p.R396W G2BMID Normal De novo Yes Alive STAG2 
15 38.I.1 c.417dupT; p.V140Cfs G2BMID Normal De novo Yes Alive ASXL1, JAK2 12 
16 9.II.1 c.1192C>T; p.R398W MDS Normal Familial No Deceased BCOR, SRSF2, STAG* 12 
17 9.III.2 c.1192C>T; p.R398W Asymptomatic Normal Familial No Alive 
18 41.I.1 c.1009C>T; p.R337X G2BMID Normal De novo Yes Alive ASXL1, DNMT3A, SMC1A 14 
19 42.I.1 c.1186C>T; p.R396W G2BMID Normal Familial Yes Alive KDM2A 
20 14.I.1 c.1187G>A; p.R396Q G2BMID Normal De novo No Deceased ASXL1, STAG2 
21 146.I.1 c.1082G>A; p.R361H MDS Normal Familial No Deceased DNMT3A, STAG2 
22 159.I.1 Unknown AML Trisomy 8, Monosomy 13 Unknown Yes Deceased KMT2A, MECOM 14 
23 48.II.11 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive CUX1, DNMT3A, KMT2A,* UAF 
24 126.III.4 Unknown MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
25 48.III.14 c.1017 + 572C>T G2BMID der(1;14)(q10;p10), trisomy 21 Familial Yes Alive STAG2 
26 126.III.23 Unknown MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2* 
27 126.II.8 Unknown Asymptomatic Normal Familial No Alive 
28 126.II.4 Unknown Asymptomatic Normal Familial No Alive 
29 256.I.1 c.1123C>T; p.L375S AML Trisomy 8, trisomy 20 De novo Yes Deceased NRAS 
30 218.I.1 c.1114G>A; p.A372T MDS Trisomy 8 Fe novo No Deceased DNMT3A 10 
31 129.I.1 c.802G>T; p.G268X MDS del(13)(q12q14) Unknown No Alive 
32 233.I.1 c.803delG; p.G268fs G2BMID Normal De novo Yes Alive 11 
33 203.I.1 c.1021delG; p.A341Pfs G2BMID Normal Familial Yes Alive DNMT3A 
34 47.I.1 c.1084C>T; p.R362X Asymptomatic Normal Familial No Alive 
35 270.I.1 c.1082G>A; p.R361H G2BMID Normal Familial Yes Alive BCOR 
36 49.III.2 c.1084C>T; p.R362X G2BMID Normal Familial Yes Alive 
37 281.I.1 c.1186C>T; p.R396W MDS inv(9)(p12q13) Unknown Yes Deceased ASXL1 
38 50.II.2 c.1128C>A; p.Y376X MDS Normal Familial Yes Alive STAG2 
39 50.II.1 c.1128C>A; p.Y376X MDS der(1;7)(q10;p10), trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2 14 
40 293.I.1 Unknown AML der(5) t(5;13)(q13q13) Unknown Yes Alive 
41 291.I.1 c.1084C>T; p.R362X MDS Monosomy 7 De novo Yes Alive STAG2 
42 216.I.1 c.1192C>T; p.R398W MDS der(1;7)(q10;p10), 1+der(1;13)(q10;q10), trisomy 8, monosomy X Unknown Yes Alive ASXL1 
43 51.III.1 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial Yes Deceased ASXL1 
44 51.II.1 c.1192C>T; p.R398W Asymptomatic Normal Familial No Alive 
45 52.II.4 c.1082G>C; p.R361P G2BMID Normal Familial No Alive BCL9 
46 52.II.5 c.1082G>C; p.R361P G2BMID Normal Familial No Alive 
47 52.I.4 c.1082G>C; p.R361P MDS Normal Familial Yes Deceased STAG2 
48 330.I.1 c.898dupG; p.A300Gfs MDS Normal Familial Yes Deceased ASXL1, BCOR 
49 335.III.1 c.1017 + 572C>T MDS Normal Familial Yes Alive 
50 340.II.1 c.1159_1160dupAC; p.M388fs G2BMID Monosomy 7, der(1;7)(q10;p10), del(13)(q12q22) Familial Yes Alive STAG2 
51 324.I.1 c.1018del7; p.S340fs MDS Trisomy 8 De novo Yes Alive STAG2 
52 342.I.1 c.1017 + 572C>T MDS Monosomy 7 Unknown Yes Alive SAMD9, SETBP1, U2AF1 
53 53.V.4 c.1017 + 572C>T G2BMID Normal Familial No Alive 
54 53.V.3 c.1017 + 572C>T MDS Normal Familial Yes Alive ETV6 
55 350.I.1 c.248delA; p.Q83Rfs MDS Normal De novo Yes Alive 
56 349.II.4 c.1192C>T; p.R398W MDS trp(1)(q21q32) Familial No Alive DNMT3A,* UAF 11 
57 347.I.1 c.1017 + 2T>A MDS Normal De novo Yes Alive STAG2 
58 351.I.1 c.1192C>T; p.R398W MDS Normal De novo Yes Alive 
59 333.II.3 c.1018-50_1143 + 247del; p.S340-N381del MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive DNMT3A, STAG2* 
60 337.I.1 c.921dupG; p.R308Afs G2BMID Normal Unknown Yes Alive STAG2 12 
61 360.I.1 c.1024_1025insGCCG; p.A342Gfs G2BMID Normal Unknown Yes Alive STAG2 
62 357.II.1 c.1017 + 1G>T MDS Monosomy 7 Familial Yes Alive RUNX1 
63 357.I.1 c.1017 + 1G>T MDS Trisomy 8 Familial No Alive ASXL1 
64 362.I.1 c.247C>T; p.Q83X MDS Monosomy 7 De novo Yes Alive STAG2* 
65 n/a c.1084C>T; p.R362X G2BMID Normal De novo No Deceased NOTCH2 
66 n/a c.680_683del; p.S227fs G2BMID Normal De novo Yes Alive STAG2 
67 365.I.1 c.1081C>T; p.R361C MDS der(1;7)(q10;p10), trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2* 
68 368.I.1 c.1061C>T; p.T354M Asymptomatic Unknown Familial No Alive DNMT3A 
69 370.I.1 unknown MDS Normal Unknown Yes Deceased ASXL1, RUNX1 10 
70 375.I.2 c.1192C>T; p.R398W MDS (1)t(1;15), Trisomy 8 Familial Yes Alive ASXL1, CUX1, RAD21 10 
71 n/a c.1150delA; p.R384fs G2BMID Normal De novo Yes Alive 
72 378.I.1 c.1021delG; p.A341Pfs MDS Normal unknown Yes Alive BCOR 
73 379.I.1 c.1277C>G; p.S426C G2BMID Normal Unknown No Alive 
74 367.I.1 unknown MDS Trisomy 8 Unknown Yes Alive 
75 382.I.2 c.1061C>A; p.T354K MDS Normal Familial Yes Alive 
76 283.II.1 c.58C>T; p.Q20X MDS der(1;7)(q10:p10) Familial Yes Alive SETBP1, STAG2 
77 n/a c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal De novo Yes Alive 
78 4.III.5 c.1017 + 572C>T CMML Monosomy 7 familial Yes Alive ASXL1, SETBP1, U2AF1 26 
79 384.I.1 c.1192C>T; p.R398W MDS Monosomy 7 Familial Yes Alive ASXL1 
80 n/a c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial No Alive 
81 393.II.1 c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal Familial No Alive 
82 n/a c.840delT; p.K281Sfs G2BMID Normal De novo Yes Alive 
83 390.I.1 c.1009C>T; p.R337X G2BMID Normal De novo Yes Alive ASXL1, STAG2 
84 394.I.1 c.1114G>A; p.A372T G2BMID Normal Unknown Yes Alive 
85 349.IV.5 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial Yes Alive 
86 349.III.16 c.1192C>T; p.R398W MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
87 349.IV.7 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial No Alive 
88 1.IV.1 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial Yes Alive 
89 1.III.2 c.1192C>T; p.R398W Asymptomatic Normal Familial No Alive DNMT3A 
90 389.I.1 c.1024_1025insG; p.A342Gfs G2BMID Normal Unknown Yes Alive 
91 4.III.2 c.1017 + 572C>T G2BMID Normal Familial No Alive NA 
92 37.I.1 c.1081C>T, p.R361C MDS Normal De novo Yes Alive DNMT3A, FLT3 NA 
93 48.II.6 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
94 48.II.2 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
95 n/a c.1187G>A; p.R396Q MDS Normal Familial Yes Alive ASXL1 NA 
96 4.III.1 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
97 4.I.1 c.1017 + 572C>T CMML Normal Familial No Alive NA 
98 17.II.2 c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal Familial No Alive NA 
99 48.II.8 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
100 4.III.4 c.1017 + 572C>T MDS Monosomy 7, Trisomy 8 Familial Yes Alive NA 
101 n/a c.839delC; p.P280Lfs MDS Trisomy 8 Unknown No Alive NA 
102 6.I.1 c.1017 + 512del28 Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
103 335.II.1 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
104 n/a c.1084C>T; p.R362X G2BMID Normal De novo No Alive STAG2* 
105 277.I.1 c.1187G>A; p.R396Q MDS Trisomy 8 De novo Yes Alive 
106 368.II.1 c.1061C>T; p.T354M MDS Monosomy 7 Familial Yes Alive NA 
PtFamily pedigreeGATA2 mutationDiseaseCytogeneticsSexInheritanceBMTSurvivalCommon mutationsTotal filtered variants
35.III.3 c.1061C>T; p.T354M MDS Trisomy 8 Familial Yes Deceased 
25.II.1 c.1017 + 572C>T G2BMID Normal Familial No Deceased ASXL1, PTPN11, SMC1A, STAG2 
8.I.1 c.243_244delAinsGC; p.G82fs G2BMID Normal De novo Yes Alive DNMT3A, STAG2 
12.I.1 c.1084_1095del12; p.R362del4 MDS Monosomy 7, trisomy 21 Unknown Yes Deceased 10 
17.I.1 c.1061C>T; p.T354M MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
17.II.1 c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal Familial Yes Alive STAG2 
26.I.1 c.302delG; p.G101fs CMML del(11)(q13q23) Unknown Yes Deceased ASXL1, CBL, DNMT3A 13 
34.II.2 c.1116_1130del15; p.C373del5 MDS Monosomy 7 Familial Yes Deceased STAG2 
34.I.1 c.1116_1130del15; p.C373del5 G2BMID Normal Familial No Alive 
10 31.II.2 c.1187G>A; p.R396Q G2BMID Normal Familial Yes Alive STAG2 
11 27.I.1 c.586_593dup; p.G199fs MDS del(9)(q13q22) Familial Yes Alive ASXL1 
12 39.I.2 c.988C>T; p.R330X MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
13 39.I.1 c.988C>T; p.R330X MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2 
14 15.I.1 c.1186C>T; p.R396W G2BMID Normal De novo Yes Alive STAG2 
15 38.I.1 c.417dupT; p.V140Cfs G2BMID Normal De novo Yes Alive ASXL1, JAK2 12 
16 9.II.1 c.1192C>T; p.R398W MDS Normal Familial No Deceased BCOR, SRSF2, STAG* 12 
17 9.III.2 c.1192C>T; p.R398W Asymptomatic Normal Familial No Alive 
18 41.I.1 c.1009C>T; p.R337X G2BMID Normal De novo Yes Alive ASXL1, DNMT3A, SMC1A 14 
19 42.I.1 c.1186C>T; p.R396W G2BMID Normal Familial Yes Alive KDM2A 
20 14.I.1 c.1187G>A; p.R396Q G2BMID Normal De novo No Deceased ASXL1, STAG2 
21 146.I.1 c.1082G>A; p.R361H MDS Normal Familial No Deceased DNMT3A, STAG2 
22 159.I.1 Unknown AML Trisomy 8, Monosomy 13 Unknown Yes Deceased KMT2A, MECOM 14 
23 48.II.11 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive CUX1, DNMT3A, KMT2A,* UAF 
24 126.III.4 Unknown MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
25 48.III.14 c.1017 + 572C>T G2BMID der(1;14)(q10;p10), trisomy 21 Familial Yes Alive STAG2 
26 126.III.23 Unknown MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2* 
27 126.II.8 Unknown Asymptomatic Normal Familial No Alive 
28 126.II.4 Unknown Asymptomatic Normal Familial No Alive 
29 256.I.1 c.1123C>T; p.L375S AML Trisomy 8, trisomy 20 De novo Yes Deceased NRAS 
30 218.I.1 c.1114G>A; p.A372T MDS Trisomy 8 Fe novo No Deceased DNMT3A 10 
31 129.I.1 c.802G>T; p.G268X MDS del(13)(q12q14) Unknown No Alive 
32 233.I.1 c.803delG; p.G268fs G2BMID Normal De novo Yes Alive 11 
33 203.I.1 c.1021delG; p.A341Pfs G2BMID Normal Familial Yes Alive DNMT3A 
34 47.I.1 c.1084C>T; p.R362X Asymptomatic Normal Familial No Alive 
35 270.I.1 c.1082G>A; p.R361H G2BMID Normal Familial Yes Alive BCOR 
36 49.III.2 c.1084C>T; p.R362X G2BMID Normal Familial Yes Alive 
37 281.I.1 c.1186C>T; p.R396W MDS inv(9)(p12q13) Unknown Yes Deceased ASXL1 
38 50.II.2 c.1128C>A; p.Y376X MDS Normal Familial Yes Alive STAG2 
39 50.II.1 c.1128C>A; p.Y376X MDS der(1;7)(q10;p10), trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2 14 
40 293.I.1 Unknown AML der(5) t(5;13)(q13q13) Unknown Yes Alive 
41 291.I.1 c.1084C>T; p.R362X MDS Monosomy 7 De novo Yes Alive STAG2 
42 216.I.1 c.1192C>T; p.R398W MDS der(1;7)(q10;p10), 1+der(1;13)(q10;q10), trisomy 8, monosomy X Unknown Yes Alive ASXL1 
43 51.III.1 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial Yes Deceased ASXL1 
44 51.II.1 c.1192C>T; p.R398W Asymptomatic Normal Familial No Alive 
45 52.II.4 c.1082G>C; p.R361P G2BMID Normal Familial No Alive BCL9 
46 52.II.5 c.1082G>C; p.R361P G2BMID Normal Familial No Alive 
47 52.I.4 c.1082G>C; p.R361P MDS Normal Familial Yes Deceased STAG2 
48 330.I.1 c.898dupG; p.A300Gfs MDS Normal Familial Yes Deceased ASXL1, BCOR 
49 335.III.1 c.1017 + 572C>T MDS Normal Familial Yes Alive 
50 340.II.1 c.1159_1160dupAC; p.M388fs G2BMID Monosomy 7, der(1;7)(q10;p10), del(13)(q12q22) Familial Yes Alive STAG2 
51 324.I.1 c.1018del7; p.S340fs MDS Trisomy 8 De novo Yes Alive STAG2 
52 342.I.1 c.1017 + 572C>T MDS Monosomy 7 Unknown Yes Alive SAMD9, SETBP1, U2AF1 
53 53.V.4 c.1017 + 572C>T G2BMID Normal Familial No Alive 
54 53.V.3 c.1017 + 572C>T MDS Normal Familial Yes Alive ETV6 
55 350.I.1 c.248delA; p.Q83Rfs MDS Normal De novo Yes Alive 
56 349.II.4 c.1192C>T; p.R398W MDS trp(1)(q21q32) Familial No Alive DNMT3A,* UAF 11 
57 347.I.1 c.1017 + 2T>A MDS Normal De novo Yes Alive STAG2 
58 351.I.1 c.1192C>T; p.R398W MDS Normal De novo Yes Alive 
59 333.II.3 c.1018-50_1143 + 247del; p.S340-N381del MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive DNMT3A, STAG2* 
60 337.I.1 c.921dupG; p.R308Afs G2BMID Normal Unknown Yes Alive STAG2 12 
61 360.I.1 c.1024_1025insGCCG; p.A342Gfs G2BMID Normal Unknown Yes Alive STAG2 
62 357.II.1 c.1017 + 1G>T MDS Monosomy 7 Familial Yes Alive RUNX1 
63 357.I.1 c.1017 + 1G>T MDS Trisomy 8 Familial No Alive ASXL1 
64 362.I.1 c.247C>T; p.Q83X MDS Monosomy 7 De novo Yes Alive STAG2* 
65 n/a c.1084C>T; p.R362X G2BMID Normal De novo No Deceased NOTCH2 
66 n/a c.680_683del; p.S227fs G2BMID Normal De novo Yes Alive STAG2 
67 365.I.1 c.1081C>T; p.R361C MDS der(1;7)(q10;p10), trisomy 8 Familial Yes Alive STAG2* 
68 368.I.1 c.1061C>T; p.T354M Asymptomatic Unknown Familial No Alive DNMT3A 
69 370.I.1 unknown MDS Normal Unknown Yes Deceased ASXL1, RUNX1 10 
70 375.I.2 c.1192C>T; p.R398W MDS (1)t(1;15), Trisomy 8 Familial Yes Alive ASXL1, CUX1, RAD21 10 
71 n/a c.1150delA; p.R384fs G2BMID Normal De novo Yes Alive 
72 378.I.1 c.1021delG; p.A341Pfs MDS Normal unknown Yes Alive BCOR 
73 379.I.1 c.1277C>G; p.S426C G2BMID Normal Unknown No Alive 
74 367.I.1 unknown MDS Trisomy 8 Unknown Yes Alive 
75 382.I.2 c.1061C>A; p.T354K MDS Normal Familial Yes Alive 
76 283.II.1 c.58C>T; p.Q20X MDS der(1;7)(q10:p10) Familial Yes Alive SETBP1, STAG2 
77 n/a c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal De novo Yes Alive 
78 4.III.5 c.1017 + 572C>T CMML Monosomy 7 familial Yes Alive ASXL1, SETBP1, U2AF1 26 
79 384.I.1 c.1192C>T; p.R398W MDS Monosomy 7 Familial Yes Alive ASXL1 
80 n/a c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial No Alive 
81 393.II.1 c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal Familial No Alive 
82 n/a c.840delT; p.K281Sfs G2BMID Normal De novo Yes Alive 
83 390.I.1 c.1009C>T; p.R337X G2BMID Normal De novo Yes Alive ASXL1, STAG2 
84 394.I.1 c.1114G>A; p.A372T G2BMID Normal Unknown Yes Alive 
85 349.IV.5 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial Yes Alive 
86 349.III.16 c.1192C>T; p.R398W MDS Trisomy 8 Familial Yes Alive 
87 349.IV.7 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial No Alive 
88 1.IV.1 c.1192C>T; p.R398W G2BMID Normal Familial Yes Alive 
89 1.III.2 c.1192C>T; p.R398W Asymptomatic Normal Familial No Alive DNMT3A 
90 389.I.1 c.1024_1025insG; p.A342Gfs G2BMID Normal Unknown Yes Alive 
91 4.III.2 c.1017 + 572C>T G2BMID Normal Familial No Alive NA 
92 37.I.1 c.1081C>T, p.R361C MDS Normal De novo Yes Alive DNMT3A, FLT3 NA 
93 48.II.6 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
94 48.II.2 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
95 n/a c.1187G>A; p.R396Q MDS Normal Familial Yes Alive ASXL1 NA 
96 4.III.1 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
97 4.I.1 c.1017 + 572C>T CMML Normal Familial No Alive NA 
98 17.II.2 c.1061C>T; p.T354M G2BMID Normal Familial No Alive NA 
99 48.II.8 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
100 4.III.4 c.1017 + 572C>T MDS Monosomy 7, Trisomy 8 Familial Yes Alive NA 
101 n/a c.839delC; p.P280Lfs MDS Trisomy 8 Unknown No Alive NA 
102 6.I.1 c.1017 + 512del28 Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
103 335.II.1 c.1017 + 572C>T Asymptomatic Normal Familial No Alive NA 
104 n/a c.1084C>T; p.R362X G2BMID Normal De novo No Alive STAG2* 
105 277.I.1 c.1187G>A; p.R396Q MDS Trisomy 8 De novo Yes Alive 
106 368.II.1 c.1061C>T; p.T354M MDS Monosomy 7 Familial Yes Alive NA 

Patient (Pt) number and Family pedigree designation are listed chronologically as the samples were collected. The survival time is from first sample collection until the end of the study. Common mutations are those found in ≥3 patients in this study or >5% in other studies of myeloid malignancies. Mutations in patient 78 have also been described in Molina et al.67  NA indicates that WES was not performed (supplemental Table 1).

BMT, bone marrow transplant.

*

Two different variants were found in the gene for the indicated patient.

The pedigree for family 126 is given in supplemental Figure 3.

GATA2 mutations unique to our study.

or Create an Account

Close Modal
Close Modal